NSiteMatch: Prediction of Binding Sites of Nucleotides by Identifying the Structure Similarity of Local Surface Patches
المؤلفون المشاركون
المصدر
Computational and Mathematical Methods in Medicine
العدد
المجلد 2017، العدد 2017 (31 ديسمبر/كانون الأول 2017)، ص ص. 1-16، 16ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2017-07-25
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
16
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Nucleotides play a central role in life-form metabolism, by interacting with proteins and mediating the function of proteins.
It is estimated that nucleotides constitute about 15% of the biologically relevant ligands included in PDB.
Prediction of binding sites of nucleotides is useful in understanding the function of proteins and can facilitate the in silico design of drugs.
In this study, we propose a nucleotide-binding site predictor, namely, NSiteMatch.
The NSiteMatch algorithm integrates three different strategies: geometrical analysis, energy calculation, and template comparison.
Unlike a traditional template-based predictor, which identifies global similarity between target structure and template, NSiteMatch concerns the local similarity between a surface patch of the target protein and the binding sites of template.
To this end, NSiteMatch identifies more templates than traditional template-based predictors.
The NSiteMatch predictor is compared with three representative methods, Findsite, Q-SiteFinder, and MetaPocket.
An extensive evaluation demonstrates that NSiteMatch achieves higher success rates than Findsite, Q-SiteFinder, and MetaPocket, in prediction of binding sites of ATP, ADP, and AMP.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Sun, Jie& Chen, Ke. 2017. NSiteMatch: Prediction of Binding Sites of Nucleotides by Identifying the Structure Similarity of Local Surface Patches. Computational and Mathematical Methods in Medicine،Vol. 2017, no. 2017, pp.1-16.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1142196
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Sun, Jie& Chen, Ke. NSiteMatch: Prediction of Binding Sites of Nucleotides by Identifying the Structure Similarity of Local Surface Patches. Computational and Mathematical Methods in Medicine No. 2017 (2017), pp.1-16.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1142196
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Sun, Jie& Chen, Ke. NSiteMatch: Prediction of Binding Sites of Nucleotides by Identifying the Structure Similarity of Local Surface Patches. Computational and Mathematical Methods in Medicine. 2017. Vol. 2017, no. 2017, pp.1-16.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1142196
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1142196
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر