Integration of Residue Attributes for Sequence Diversity Characterization of Terpenoid Enzymes
المؤلفون المشاركون
Altaf-Ul-Amin, Md.
Ikeda, Shun
Ono, Naoaki
Kanaya, Shigehiko
Kibinge, Nelson
المصدر
العدد
المجلد 2014، العدد 2014 (31 ديسمبر/كانون الأول 2014)، ص ص. 1-10، 10ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2014-05-11
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
10
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Progress in the “omics” fields such as genomics, transcriptomics, proteomics, and metabolomics has engendered a need for innovative analytical techniques to derive meaningful information from the ever increasing molecular data.
KNApSAcK motorcycle DB is a popular database for enzymes related to secondary metabolic pathways in plants.
One of the challenges in analyses of protein sequence data in such repositories is the standard notation of sequences as strings of alphabetical characters.
This has created lack of a natural underlying metric that eases amenability to computation.
In view of this requirement, we applied novel integration of selected biochemical and physical attributes of amino acids derived from the amino acid index and quantified in numerical scale, to examine diversity of peptide sequences of terpenoid synthases accumulated in KNApSAcK motorcycle DB.
We initially generated a reduced amino acid index table.
This is a set of biochemical and physical properties obtained by random forest feature selection of important indices from the amino acid index.
Principal component analysis was then applied for characterization of enzymes involved in synthesis of terpenoids.
The variance explained was increased by incorporation of residue attributes for analyses.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Kibinge, Nelson& Ikeda, Shun& Ono, Naoaki& Altaf-Ul-Amin, Md.& Kanaya, Shigehiko. 2014. Integration of Residue Attributes for Sequence Diversity Characterization of Terpenoid Enzymes. BioMed Research International،Vol. 2014, no. 2014, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-496046
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Kibinge, Nelson…[et al.]. Integration of Residue Attributes for Sequence Diversity Characterization of Terpenoid Enzymes. BioMed Research International No. 2014 (2014), pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-496046
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Kibinge, Nelson& Ikeda, Shun& Ono, Naoaki& Altaf-Ul-Amin, Md.& Kanaya, Shigehiko. Integration of Residue Attributes for Sequence Diversity Characterization of Terpenoid Enzymes. BioMed Research International. 2014. Vol. 2014, no. 2014, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-496046
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-496046
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر