Enhancing De Novo Transcriptome Assembly by Incorporating Multiple Overlap Sizes
المؤلفون المشاركون
Ho, Jan-Ming
Chen, Chuen-Liang
Lin, Wen-Dar
Chang, Yu-Jung
Chen, Chien-Chih
المصدر
العدد
المجلد 2012، العدد 2012 (31 ديسمبر/كانون الأول 2012)، ص ص. 1-9، 9ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2012-04-23
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
9
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Background.
The emergence of next-generation sequencing platform gives rise to a new generation of assembly algorithms.
Compared with the Sanger sequencing data, the next-generation sequence data present shorter reads, higher coverage depth, and different error profiles.
These features bring new challenging issues for de novo transcriptome assembly.
Methodology.
To explore the influence of these features on assembly algorithms, we studied the relationship between read overlap size, coverage depth, and error rate using simulated data.
According to the relationship, we propose a de novo transcriptome assembly procedure, called Euler-mix, and demonstrate its performance on a real transcriptome dataset of mice.
The simulation tool and evaluation tool are freely available as open source.
Significance.
Euler-mix is a straightforward pipeline; it focuses on dealing with the variation of coverage depth of short reads dataset.
The experiment result showed that Euler-mix improves the performance of de novo transcriptome assembly.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Chen, Chien-Chih& Lin, Wen-Dar& Chang, Yu-Jung& Chen, Chuen-Liang& Ho, Jan-Ming. 2012. Enhancing De Novo Transcriptome Assembly by Incorporating Multiple Overlap Sizes. ISRN Bioinformatics،Vol. 2012, no. 2012, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-500399
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Chen, Chien-Chih…[et al.]. Enhancing De Novo Transcriptome Assembly by Incorporating Multiple Overlap Sizes. ISRN Bioinformatics No. 2012 (2012), pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-500399
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Chen, Chien-Chih& Lin, Wen-Dar& Chang, Yu-Jung& Chen, Chuen-Liang& Ho, Jan-Ming. Enhancing De Novo Transcriptome Assembly by Incorporating Multiple Overlap Sizes. ISRN Bioinformatics. 2012. Vol. 2012, no. 2012, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-500399
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-500399
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر