A Transcriptome Post-Scaffolding Method for Assembling High Quality Contigs
المؤلفون المشاركون
Myles, Kevin M.
Liu, Mingming
Zhang, Liqing
Adelman, Zach N.
المصدر
العدد
المجلد 2014، العدد 2014 (31 ديسمبر/كانون الأول 2014)، ص ص. 1-4، 4ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2014-05-28
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
4
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
With the rapid development of high throughput sequencing technologies, new transcriptomes can be sequenced for little cost with high coverage.
Sequence assembly approaches have been modified to meet the requirements for de novo transcriptomes, which have complications not found in traditional genome assemblies such as variation in coverage for each candidate mRNA and alternative splicing.
As a consequence, de novo assembly strategies tend to generate a large number of redundant contigs due to sequence variations, which adversely affects downstream analysis and experiments.
In this work we proposed TransPS, a transcriptome post-scaffolding method, to generate high quality, nonredundant de novo transcriptomes.
TransPS shows promising results on the test transcriptome datasets, where redundancy is greatly reduced by more than 50% and, at the same time, coverage is improved considerably.
The web server and source code are available.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Liu, Mingming& Adelman, Zach N.& Myles, Kevin M.& Zhang, Liqing. 2014. A Transcriptome Post-Scaffolding Method for Assembling High Quality Contigs. Computational Biology Journal،Vol. 2014, no. 2014, pp.1-4.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-511722
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Liu, Mingming…[et al.]. A Transcriptome Post-Scaffolding Method for Assembling High Quality Contigs. Computational Biology Journal No. 2014 (2014), pp.1-4.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-511722
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Liu, Mingming& Adelman, Zach N.& Myles, Kevin M.& Zhang, Liqing. A Transcriptome Post-Scaffolding Method for Assembling High Quality Contigs. Computational Biology Journal. 2014. Vol. 2014, no. 2014, pp.1-4.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-511722
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-511722
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر