دراسة مقارنة لخصائص جزر ال CpG المكتشفة باستخدام أداتي new CpGReport و CpGCluster
العناوين الأخرى
A comparative study of CpG islands detected by different tools : newCpGreport and CpGCluster
المؤلفون المشاركون
المصدر
مجلة جامعة دمشق للعلوم الهندسية
العدد
المجلد 29، العدد 2 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 195-208، 14ص.
الناشر
تاريخ النشر
2013-12-31
دولة النشر
سوريا
عدد الصفحات
14
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
CpG islands play an important role in genes transcription regulation, due to the fact that these islands overlap with the genes’ promoter regions, and the methylation of those CpG islands may repress the transcription of the associated genes.
Previous studies reported that methylation of CpG islands is an important indicator of the presence and possibility of developing cancers.
There are mainly two types of algorithms to identify CpG islands in the nucleotides sequences: distance-based and sliding-window algorithms.
The outputs of these algorithms are different for the same nucleotide sequence.
The aim of this study is to compare the performance of the above mentioned algorithms by using two web tools named CpGCluster and newCpGReport.
CpG islands in human chromosome 22 were identified by applying the two algorithms on this chromosome, and the variation in the number and length of the identified islands was clear.
The results also show that about 60% of both tools’ output is crossed.
Moreover, the effect of the traditional parameters of CpG islands (length, C+G content and Observed/expected ratio) on the number of the identified islands was studied.
The results show that the length parameter has a great effect on the number of islands identified by newCpGReport, while it does not affect CpGCluster’s performance.
The effect of making CpG islands identified by newCpGReport start and end with CpG was also studied, due to this operation C+G content and Observed/expected ratio increased for most islands, taking into account that 25% of the islands became shorter than 200 nucleotides.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
الصباغ، مجد وصقر، علي ورشا مسعود. 2013. دراسة مقارنة لخصائص جزر ال CpG المكتشفة باستخدام أداتي new CpGReport و CpGCluster. مجلة جامعة دمشق للعلوم الهندسية،مج. 29، ع. 2، ص ص. 195-208.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-751031
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
الصباغ، مجد....[و آخرون]. دراسة مقارنة لخصائص جزر ال CpG المكتشفة باستخدام أداتي new CpGReport و CpGCluster. مجلة جامعة دمشق للعلوم الهندسية مج. 29، ع. 2 (2013)، ص ص. 195-208.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-751031
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
الصباغ، مجد وصقر، علي ورشا مسعود. دراسة مقارنة لخصائص جزر ال CpG المكتشفة باستخدام أداتي new CpGReport و CpGCluster. مجلة جامعة دمشق للعلوم الهندسية. 2013. مج. 29، ع. 2، ص ص. 195-208.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-751031
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
العربية
الملاحظات
يتضمن مراجع ببليوجرافية : ص. 207
رقم السجل
BIM-751031
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر