Biological Applications of Hybrid Quantum MechanicsMolecular Mechanics Calculation
المؤلفون المشاركون
Kang, Jiyoung
Hagiwara, Yohsuke
Tateno, Masaru
المصدر
العدد
المجلد 2012، العدد 2012 (31 ديسمبر/كانون الأول 2012)، ص ص. 1-11، 11ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2012-03-28
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
11
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Since in most cases biological macromolecular systems including solvent water molecules are remarkably large, the computational costs of performing ab initio calculations for the entire structures are prohibitive.
Accordingly, QM calculations that are jointed with MM calculations are crucial to evaluate the long-range electrostatic interactions, which significantly affect the electronic structures of biological macromolecules.
A UNIX-shell-based interface program connecting the quantum mechanics (QMs) and molecular mechanics (MMs) calculation engines, GAMESS and AMBER, was developed in our lab.
The system was applied to a metalloenzyme, azurin, and PU.1-DNA complex; thereby, the significance of the environmental effects on the electronic structures of the site of interest was elucidated.
Subsequently, hybrid QM/MM molecular dynamics (MD) simulation using the calculation system was employed for investigation of mechanisms of hydrolysis (editing reaction) in leucyl-tRNA synthetase complexed with the misaminoacylated tRNALeu, and a novel mechanism of the enzymatic reaction was revealed.
Thus, our interface program can play a critical role as a powerful tool for state-of-the-art sophisticated hybrid ab initio QM/MM MD simulations of large systems, such as biological macromolecules.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Kang, Jiyoung& Hagiwara, Yohsuke& Tateno, Masaru. 2012. Biological Applications of Hybrid Quantum MechanicsMolecular Mechanics Calculation. BioMed Research International،Vol. 2012, no. 2012, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-991508
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Kang, Jiyoung…[et al.]. Biological Applications of Hybrid Quantum MechanicsMolecular Mechanics Calculation. BioMed Research International No. 2012 (2012), pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-991508
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Kang, Jiyoung& Hagiwara, Yohsuke& Tateno, Masaru. Biological Applications of Hybrid Quantum MechanicsMolecular Mechanics Calculation. BioMed Research International. 2012. Vol. 2012, no. 2012, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-991508
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-991508
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر