Prokaryotic Phylogenies Inferred from Whole-Genome Sequence and Annotation Data
المؤلفون المشاركون
Du, Wei
Cao, Zhongbo
Wang, Yan
Sun, Ying
Blanzieri, Enrico
Liang, Yanchun
المصدر
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-15، 15ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-08-29
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
15
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Phylogenetic trees are used to represent the evolutionary relationship among various groups of species.
In this paper, a novel method for inferring prokaryotic phylogenies using multiple genomic information is proposed.
The method is called CGCPhy and based on the distance matrix of orthologous gene clusters between whole-genome pairs.
CGCPhy comprises four main steps.
First, orthologous genes are determined by sequence similarity, genomic function, and genomic structure information.
Second, genes involving potential HGT events are eliminated, since such genes are considered to be the highly conserved genes across different species and the genes located on fragments with abnormal genome barcode.
Third, we calculate the distance of the orthologous gene clusters between each genome pair in terms of the number of orthologous genes in conserved clusters.
Finally, the neighbor-joining method is employed to construct phylogenetic trees across different species.
CGCPhy has been examined on different datasets from 617 complete single-chromosome prokaryotic genomes and achieved applicative accuracies on different species sets in agreement with Bergey's taxonomy in quartet topologies.
Simulation results show that CGCPhy achieves high average accuracy and has a low standard deviation on different datasets, so it has an applicative potential for phylogenetic analysis.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Du, Wei& Cao, Zhongbo& Wang, Yan& Sun, Ying& Blanzieri, Enrico& Liang, Yanchun. 2013. Prokaryotic Phylogenies Inferred from Whole-Genome Sequence and Annotation Data. BioMed Research International،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1004245
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Du, Wei…[et al.]. Prokaryotic Phylogenies Inferred from Whole-Genome Sequence and Annotation Data. BioMed Research International No. 2013 (2013), pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1004245
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Du, Wei& Cao, Zhongbo& Wang, Yan& Sun, Ying& Blanzieri, Enrico& Liang, Yanchun. Prokaryotic Phylogenies Inferred from Whole-Genome Sequence and Annotation Data. BioMed Research International. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1004245
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1004245
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر