![](/images/graphics-bg.png)
wFReDoW: A Cloud-Based Web Environment to Handle Molecular Docking Simulations of a Fully Flexible Receptor Model
المؤلفون المشاركون
De Paris, Renata
Frantz, Fábio A.
Norberto de Souza, Osmar
Ruiz, Duncan D. A.
المصدر
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-12، 12ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-04-11
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
12
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Molecular docking simulations of fully flexible protein receptor (FFR) models are coming of age.
In our studies, an FFR model is represented by a series of different conformations derived from a molecular dynamic simulation trajectory of the receptor.
For each conformation in the FFR model, a docking simulation is executed and analyzed.
An important challenge is to perform virtual screening of millions of ligands using an FFR model in a sequential mode since it can become computationally very demanding.
In this paper, we propose a cloud-based web environment, called web Flexible Receptor Docking Workflow (wFReDoW), which reduces the CPU time in the molecular docking simulations of FFR models to small molecules.
It is based on the new workflow data pattern called self-adaptive multiple instances (P-SaMIs) and on a middleware built on Amazon EC2 instances.
P-SaMI reduces the number of molecular docking simulations while the middleware speeds up the docking experiments using a High Performance Computing (HPC) environment on the cloud.
The experimental results show a reduction in the total elapsed time of docking experiments and the quality of the new reduced receptor models produced by discarding the nonpromising conformations from an FFR model ruled by the P-SaMI data pattern.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
De Paris, Renata& Frantz, Fábio A.& Norberto de Souza, Osmar& Ruiz, Duncan D. A.. 2013. wFReDoW: A Cloud-Based Web Environment to Handle Molecular Docking Simulations of a Fully Flexible Receptor Model. BioMed Research International،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1004374
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
De Paris, Renata…[et al.]. wFReDoW: A Cloud-Based Web Environment to Handle Molecular Docking Simulations of a Fully Flexible Receptor Model. BioMed Research International No. 2013 (2013), pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1004374
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
De Paris, Renata& Frantz, Fábio A.& Norberto de Souza, Osmar& Ruiz, Duncan D. A.. wFReDoW: A Cloud-Based Web Environment to Handle Molecular Docking Simulations of a Fully Flexible Receptor Model. BioMed Research International. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1004374
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1004374
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)