Exploring the Cooccurrence Patterns of Multiple Sets of Genomic Intervals
المؤلفون المشاركون
المصدر
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-7، 7ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-05-28
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
7
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Exploring the spatial relationship of different genomic features has been of great interest since the early days of genomic research.
The relationship sometimes provides useful information for understanding certain biological processes.
Recent advances in high-throughput technologies such as ChIP-seq produce large amount of data in the form of genomic intervals.
Most of the existing methods for assessing spatial relationships among the intervals are designed for pairwise comparison and cannot be easily scaled up.
Results.
We present a statistical method and software tool to characterize the cooccurrence patterns of multiple sets of genomic intervals.
The occurrences of genomic intervals are described by a simple finite mixture model, where each component represents a distinct cooccurrence pattern.
The model parameters are estimated via an EM algorithm and can be viewed as sufficient statistics of the cooccurrence patterns.
Simulation and real data results show that the model can accurately capture the patterns and provide biologically meaningful results.
The method is implemented in a freely available R package giClust.
Conclusions.
The method and the software provide a convenient way for biologists to explore the cooccurrence patterns among a relatively large number of sets of genomic intervals.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Wu, Hao& Qin, Zhaohui S.. 2013. Exploring the Cooccurrence Patterns of Multiple Sets of Genomic Intervals. BioMed Research International،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1004728
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Wu, Hao& Qin, Zhaohui S.. Exploring the Cooccurrence Patterns of Multiple Sets of Genomic Intervals. BioMed Research International No. 2013 (2013), pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1004728
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Wu, Hao& Qin, Zhaohui S.. Exploring the Cooccurrence Patterns of Multiple Sets of Genomic Intervals. BioMed Research International. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1004728
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1004728
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر