![](/images/graphics-bg.png)
GPU-Based Cloud Service for Smith-Waterman Algorithm Using Frequency Distance Filtration Scheme
المؤلفون المشاركون
Hung, Che-Lun
Lee, Sheng-Ta
Lin, Chun-Yuan
المصدر
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-8، 8ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-04-03
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
8
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
As the conventional means of analyzing the similarity between a query sequence and database sequences, the Smith-Waterman algorithm is feasible for a database search owing to its high sensitivity.
However, this algorithm is still quite time consuming.
CUDA programming can improve computations efficiently by using the computational power of massive computing hardware as graphics processing units (GPUs).
This work presents a novel Smith-Waterman algorithm with a frequency-based filtration method on GPUs rather than merely accelerating the comparisons yet expending computational resources to handle such unnecessary comparisons.
A user friendly interface is also designed for potential cloud server applications with GPUs.
Additionally, two data sets, H1N1 protein sequences (query sequence set) and human protein database (database set), are selected, followed by a comparison of CUDA-SW and CUDA-SW with the filtration method, referred to herein as CUDA-SWf.
Experimental results indicate that reducing unnecessary sequence alignments can improve the computational time by up to 41%.
Importantly, by using CUDA-SWf as a cloud service, this application can be accessed from any computing environment of a device with an Internet connection without time constraints.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Lee, Sheng-Ta& Lin, Chun-Yuan& Hung, Che-Lun. 2013. GPU-Based Cloud Service for Smith-Waterman Algorithm Using Frequency Distance Filtration Scheme. BioMed Research International،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1004954
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Lee, Sheng-Ta…[et al.]. GPU-Based Cloud Service for Smith-Waterman Algorithm Using Frequency Distance Filtration Scheme. BioMed Research International No. 2013 (2013), pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1004954
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Lee, Sheng-Ta& Lin, Chun-Yuan& Hung, Che-Lun. GPU-Based Cloud Service for Smith-Waterman Algorithm Using Frequency Distance Filtration Scheme. BioMed Research International. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1004954
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1004954
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)