Simpute: An Efficient Solution for Dense Genotypic Data
المؤلفون المشاركون
Hsieh, Wen-Ping
Chang, Chun-Tien
Lin, Yen-Jen
Tang, Chuan Yi
المصدر
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-7، 7ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-02-03
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
7
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Single nucleotide polymorphism (SNP) data derived from array-based technology or massive parallel sequencing are often flawed with missing data.
Missing SNPs can bias the results of association analyses.
To maximize information usage, imputation is often adopted to compensate for the missing data by filling in the most probable values.
To better understand the available tools for this purpose, we compare the imputation performances among BEAGLE, IMPUTE, BIMBAM, SNPMStat, MACH, and PLINK with data generated by randomly masking the genotype data from the International HapMap Phase III project.
In addition, we propose a new algorithm called simple imputation (Simpute) that benefits from the high resolution of the SNPs in the array platform.
Simpute does not require any reference data.
The best feature of Simpute is its computational efficiency with complexity of order (mw+n), where n is the number of missing SNPs, w is the number of the positions of the missing SNPs, and m is the number of people considered.
Simpute is suitable for regular screening of the large-scale SNP genotyping particularly when the sample size is large, and efficiency is a major concern in the analysis.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Lin, Yen-Jen& Chang, Chun-Tien& Tang, Chuan Yi& Hsieh, Wen-Ping. 2013. Simpute: An Efficient Solution for Dense Genotypic Data. BioMed Research International،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1005182
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Lin, Yen-Jen…[et al.]. Simpute: An Efficient Solution for Dense Genotypic Data. BioMed Research International No. 2013 (2013), pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1005182
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Lin, Yen-Jen& Chang, Chun-Tien& Tang, Chuan Yi& Hsieh, Wen-Ping. Simpute: An Efficient Solution for Dense Genotypic Data. BioMed Research International. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1005182
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1005182
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر