Efficient Haplotype Block Partitioning and Tag SNP Selection Algorithms under Various Constraints
المؤلفون المشاركون
Hung, Che-Lun
Chen, Wen-Pei
Lin, Yaw-Ling
المصدر
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-13، 13ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-11-11
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
13
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Patterns of linkage disequilibrium plays a central role in genome-wide association studies aimed at identifying genetic variation responsible for common human diseases.
These patterns in human chromosomes show a block-like structure, and regions of high linkage disequilibrium are called haplotype blocks.
A small subset of SNPs, called tag SNPs, is sufficient to capture the haplotype patterns in each haplotype block.
Previously developed algorithms completely partition a haplotype sample into blocks while attempting to minimize the number of tag SNPs.
However, when resource limitations prevent genotyping all the tag SNPs, it is desirable to restrict their number.
We propose two dynamic programming algorithms, incorporating many diversity evaluation functions, for haplotype block partitioning using a limited number of tag SNPs.
We use the proposed algorithms to partition the chromosome 21 haplotype data.
When the sample is fully partitioned into blocks by our algorithms, the 2,266 blocks and 3,260 tag SNPs are fewer than those identified by previous studies.
We also demonstrate that our algorithms find the optimal solution by exploiting the nonmonotonic property of a common haplotype-evaluation function.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Chen, Wen-Pei& Hung, Che-Lun& Lin, Yaw-Ling. 2013. Efficient Haplotype Block Partitioning and Tag SNP Selection Algorithms under Various Constraints. BioMed Research International،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1005572
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Chen, Wen-Pei…[et al.]. Efficient Haplotype Block Partitioning and Tag SNP Selection Algorithms under Various Constraints. BioMed Research International No. 2013 (2013), pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1005572
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Chen, Wen-Pei& Hung, Che-Lun& Lin, Yaw-Ling. Efficient Haplotype Block Partitioning and Tag SNP Selection Algorithms under Various Constraints. BioMed Research International. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1005572
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1005572
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر