Molecular Dynamics Simulation of Barnase: Contribution of Noncovalent Intramolecular Interaction to Thermostability
المؤلفون المشاركون
Li, Ming
Chen, Zhiguo
Fu, Yi
Xu, Wenbo
المصدر
Mathematical Problems in Engineering
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-12، 12ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-12-17
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
12
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Bacillus amyloliquefaciens ribonuclease Barnase (RNase Ba) is a 12 kD (kilodalton) small extracellular ribonuclease.
It has broad application prospects in agriculture, clinical medicine, pharmaceutical, and so forth.
In this work, the thermal stability of Barnase has been studied using molecular dynamics simulation at different temperatures.
The present study focuses on the contribution of noncovalent intramolecular interaction to protein stability and how they affect the thermal stability of the enzyme.
Profiles of root mean square deviation and root mean square fluctuation identify thermostable and thermosensitive regions of Barnase.
Analyses of trajectories in terms of secondary structure content, intramolecular hydrogen bonds and salt bridge interactions indicate distinct differences in different temperature simulations.
In the simulations, Four three-member salt bridge networks (Asp8-Arg110-Asp12, Arg83-Asp75-Arg87, Lys66-Asp93-Arg69, and Asp54-Lys27-Glu73) have been identified as critical salt bridges for thermostability which are maintained stably at higher temperature enhancing stability of three hydrophobic cores.
The study may help enlighten our knowledge of protein structural properties, noncovalent interactions which can stabilize secondary peptide structures or promote folding, and also help understand their actions better.
Such an understanding is required for designing efficient enzymes with characteristics for particular applications at desired working temperatures.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Chen, Zhiguo& Fu, Yi& Xu, Wenbo& Li, Ming. 2013. Molecular Dynamics Simulation of Barnase: Contribution of Noncovalent Intramolecular Interaction to Thermostability. Mathematical Problems in Engineering،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1009617
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Chen, Zhiguo…[et al.]. Molecular Dynamics Simulation of Barnase: Contribution of Noncovalent Intramolecular Interaction to Thermostability. Mathematical Problems in Engineering No. 2013 (2013), pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1009617
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Chen, Zhiguo& Fu, Yi& Xu, Wenbo& Li, Ming. Molecular Dynamics Simulation of Barnase: Contribution of Noncovalent Intramolecular Interaction to Thermostability. Mathematical Problems in Engineering. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1009617
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1009617
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر