A Topology Structure Based Outer Membrane Proteins Segment Alignment Method
المؤلفون المشاركون
Sun, Pingping
Ma, Zhiqiang
Wang, Han
Liu, Bo
المصدر
Mathematical Problems in Engineering
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-10، 10ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-10-26
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
10
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Outer membrane proteins (OMPs) are transmembrane proteins (TMPs) located in outer membranes.
These proteins perform diverse biochemical functions and have immediate medical relevance, so that their spatial structures are important for studying.
But the special physicochemical properties of OMP make it hard to obtain their structures experimentally.
For the purpose of predicting OMP structures, discriminating OMPs and aligning their sequences to native structures are indispensable steps.
We developed a novel method OMSA (Outer Membrane Segment Alignment), which implemented both steps in one program.
OMSA integrates OMP-specific topology features to implement a sequence-to-structure alignment, for example, segment type and segment orientation, while a segment-dependent gap penalty model is employed to improve the alignment.
Compared to peer top-leading methods, OMSA achieved higher accuracy in both OMP discrimination and alignment, which may further improve OMP structure studying.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Wang, Han& Liu, Bo& Sun, Pingping& Ma, Zhiqiang. 2013. A Topology Structure Based Outer Membrane Proteins Segment Alignment Method. Mathematical Problems in Engineering،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1009778
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Wang, Han…[et al.]. A Topology Structure Based Outer Membrane Proteins Segment Alignment Method. Mathematical Problems in Engineering No. 2013 (2013), pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1009778
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Wang, Han& Liu, Bo& Sun, Pingping& Ma, Zhiqiang. A Topology Structure Based Outer Membrane Proteins Segment Alignment Method. Mathematical Problems in Engineering. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1009778
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1009778
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر