Nonlinear Model-Based Method for Clustering Periodically Expressed Genes
المؤلفون المشاركون
Tian, Li-Ping
Liu, Li-Zhi
Zhang, Qian-Wei
Wu, Fang-Xiang
المصدر
العدد
المجلد 2011، العدد 2011 (31 ديسمبر/كانون الأول 2011)، ص ص. 1-11، 11ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2011-11-01
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
11
التخصصات الرئيسية
الطب البشري
تكنولوجيا المعلومات وعلم الحاسوب
الملخص EN
Clustering periodically expressed genes from their time-course expression data could help understand the molecular mechanism of those biological processes.
In this paper, we propose a nonlinear model-based clustering method for periodically expressed gene profiles.
As periodically expressed genes are associated with periodic biological processes, the proposed method naturally assumes that a periodically expressed gene dataset is generated by a number of periodical processes.
Each periodical process is modelled by a linear combination of trigonometric sine and cosine functions in time plus a Gaussian noise term.
A two stage method is proposed to estimate the model parameter, and a relocation-iteration algorithm is employed to assign each gene to an appropriate cluster.
A bootstrapping method and an average adjusted Rand index (AARI) are employed to measure the quality of clustering.
One synthetic dataset and two biological datasets were employed to evaluate the performance of the proposed method.
The results show that our method allows the better quality clustering than other clustering methods (e.g., k-means) for periodically expressed gene data, and thus it is an effective cluster analysis method for periodically expressed gene data.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Tian, Li-Ping& Liu, Li-Zhi& Zhang, Qian-Wei& Wu, Fang-Xiang. 2011. Nonlinear Model-Based Method for Clustering Periodically Expressed Genes. The Scientific World Journal،Vol. 2011, no. 2011, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1027879
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Tian, Li-Ping…[et al.]. Nonlinear Model-Based Method for Clustering Periodically Expressed Genes. The Scientific World Journal No. 2011 (2011), pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1027879
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Tian, Li-Ping& Liu, Li-Zhi& Zhang, Qian-Wei& Wu, Fang-Xiang. Nonlinear Model-Based Method for Clustering Periodically Expressed Genes. The Scientific World Journal. 2011. Vol. 2011, no. 2011, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1027879
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1027879
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر