ASPic-GeneID: A Lightweight Pipeline for Gene Prediction and Alternative Isoforms Detection
المؤلفون المشاركون
Picardi, Ernesto
Alioto, Tyler
Guigó, Roderic
Pesole, Graziano
المصدر
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-11، 11ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-11-07
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
11
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
New genomes are being sequenced at an increasingly rapid rate, far outpacing the rate at which manual gene annotation can be performed.
Automated genome annotation is thus necessitated by this growth in genome projects; however, full-fledged annotation systems are usually home-grown and customized to a particular genome.
There is thus a renewed need for accurate ab initio gene prediction methods.
However, it is apparent that fully ab initio methods fall short of the required level of sensitivity and specificity for a quality annotation.
Evidence in the form of expressed sequences gives the single biggest improvement in accuracy when used to inform gene predictions.
Here, we present a lightweight pipeline for first-pass gene prediction on newly sequenced genomes.
The two main components are ASPic, a program that derives highly accurate, albeit not necessarily complete, EST-based transcript annotations from EST alignments, and GeneID, a standard gene prediction program, which we have modified to take as evidence intron annotations.
The introns output by ASPic CDS predictions is given to GeneID to constrain the exon-chaining process and produce predictions consistent with the underlying EST alignments.
The pipeline was successfully tested on the entire C.
elegans genome and the 44 ENCODE human pilot regions.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Alioto, Tyler& Picardi, Ernesto& Guigó, Roderic& Pesole, Graziano. 2013. ASPic-GeneID: A Lightweight Pipeline for Gene Prediction and Alternative Isoforms Detection. BioMed Research International،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1030604
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Alioto, Tyler…[et al.]. ASPic-GeneID: A Lightweight Pipeline for Gene Prediction and Alternative Isoforms Detection. BioMed Research International No. 2013 (2013), pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1030604
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Alioto, Tyler& Picardi, Ernesto& Guigó, Roderic& Pesole, Graziano. ASPic-GeneID: A Lightweight Pipeline for Gene Prediction and Alternative Isoforms Detection. BioMed Research International. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1030604
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1030604
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر