Solving Two-Dimensional HP Model by Firefly Algorithm and Simplified Energy Function
المؤلفون المشاركون
Zhang, Yudong
Wu, Le-nan
Wang, Shuihua
المصدر
Mathematical Problems in Engineering
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-9، 9ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-02-24
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
9
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
In order to solve the HP model of the protein folding problem, we investigated traditional energy function and pointed out that its discrete property cannot give direction of the next step to the searching point, causing a challenge to optimization algorithms.
Therefore, we introduced the simplified energy function into a turn traditional discrete energy function to continuous one.
The simplified energy function totals the distance between all pairs of hydrophobic amino acids.
To optimize the simplified energy function, we introduced the latest swarm intelligence algorithm, the firefly algorithm (FA).
FA is a hot nature-inspired technique and has been used for solving nonlinear multimodal optimization problems in dynamic environment.
We also proposed the code scheme strategy to apply FA to the simplified HP model with the clash test strategy.
The experiment took 14 sequences of different chain lengths from 18 to 100 as the dataset and compared the FA with standard genetic algorithm and immune genetic algorithm.
Each algorithm ran 20 times.
The averaged energy convergence results show that FA achieves the lowest values.
It concludes that it is effective to solve 2D HP model by the firefly algorithm and the simplified energy function.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Zhang, Yudong& Wu, Le-nan& Wang, Shuihua. 2013. Solving Two-Dimensional HP Model by Firefly Algorithm and Simplified Energy Function. Mathematical Problems in Engineering،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1031853
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Zhang, Yudong…[et al.]. Solving Two-Dimensional HP Model by Firefly Algorithm and Simplified Energy Function. Mathematical Problems in Engineering No. 2013 (2013), pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1031853
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Zhang, Yudong& Wu, Le-nan& Wang, Shuihua. Solving Two-Dimensional HP Model by Firefly Algorithm and Simplified Energy Function. Mathematical Problems in Engineering. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1031853
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1031853
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر