Functional Implications of Local DNA Structures in Regulatory Motifs
المؤلف
المصدر
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-6، 6ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-05-14
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
6
التخصصات الرئيسية
الطب البشري
تكنولوجيا المعلومات وعلم الحاسوب
الملخص EN
The three-dimensional structure of DNA has been proposed to be a major determinant for functional transcription factors (TFs) and DNA interaction.
Here, we use hydroxyl radical cleavage pattern as a measure of local DNA structure.
We compared the conservation between DNA sequence and structure in terms of information content and attempted to assess the functional implications of DNA structures in regulatory motifs.
We used statistical methods to evaluate the structural divergence of substituting a single position within a binding site and applied them to a collection of putative regulatory motifs.
The following are our major observations: (i) we observed more information in structural alignment than in the corresponding sequence alignment for most of the transcriptional factors; (ii) for each TF, majority of positions have more information in the structural alignment as compared to the sequence alignment; (iii) we further defined a DNA structural divergence score (SD score) for each wild-type and mutant pair that is distinguished by single-base mutation.
The SD score for benign mutations is significantly lower than that of switch mutations.
This indicates structural conservation is also important for TFBS to be functional and DNA structures will provide previously unappreciated information for TF to realize the binding specificity.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Xiang, Qian. 2013. Functional Implications of Local DNA Structures in Regulatory Motifs. The Scientific World Journal،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1033503
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Xiang, Qian. Functional Implications of Local DNA Structures in Regulatory Motifs. The Scientific World Journal No. 2013 (2013), pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1033503
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Xiang, Qian. Functional Implications of Local DNA Structures in Regulatory Motifs. The Scientific World Journal. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1033503
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1033503
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر