Rule-Based Knowledge Acquisition Method for Promoter Prediction in Human and Drosophila Species
المؤلفون المشاركون
Tung, C.-W.
Huang, Wen-Lin
Liaw, Chyn
Huang, Hui-Ling
Ho, Shinn-Ying
المصدر
العدد
المجلد 2014، العدد 2014 (31 ديسمبر/كانون الأول 2014)، ص ص. 1-14، 14ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2014-01-29
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
14
التخصصات الرئيسية
الطب البشري
تكنولوجيا المعلومات وعلم الحاسوب
الملخص EN
The rapid and reliable identification of promoter regions is important when the number of genomes to be sequenced is increasing very speedily.
Various methods have been developed but few methods investigate the effectiveness of sequence-based features in promoter prediction.
This study proposes a knowledge acquisition method (named PromHD) based on if-then rules for promoter prediction in human and Drosophila species.
PromHD utilizes an effective feature-mining algorithm and a reference feature set of 167 DNA sequence descriptors (DNASDs), comprising three descriptors of physicochemical properties (absorption maxima, molecular weight, and molar absorption coefficient), 128 top-ranked descriptors of 4-mer motifs, and 36 global sequence descriptors.
PromHD identifies two feature subsets with 99 and 74 DNASDs and yields test accuracies of 96.4% and 97.5% in human and Drosophila species, respectively.
Based on the 99- and 74-dimensional feature vectors, PromHD generates several if-then rules by using the decision tree mechanism for promoter prediction.
The top-ranked informative rules with high certainty grades reveal that the global sequence descriptor, the length of nucleotide A at the first position of the sequence, and two physicochemical properties, absorption maxima and molecular weight, are effective in distinguishing promoters from non-promoters in human and Drosophila species, respectively.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Huang, Wen-Lin& Tung, C.-W.& Liaw, Chyn& Huang, Hui-Ling& Ho, Shinn-Ying. 2014. Rule-Based Knowledge Acquisition Method for Promoter Prediction in Human and Drosophila Species. The Scientific World Journal،Vol. 2014, no. 2014, pp.1-14.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1049231
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Huang, Wen-Lin…[et al.]. Rule-Based Knowledge Acquisition Method for Promoter Prediction in Human and Drosophila Species. The Scientific World Journal No. 2014 (2014), pp.1-14.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1049231
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Huang, Wen-Lin& Tung, C.-W.& Liaw, Chyn& Huang, Hui-Ling& Ho, Shinn-Ying. Rule-Based Knowledge Acquisition Method for Promoter Prediction in Human and Drosophila Species. The Scientific World Journal. 2014. Vol. 2014, no. 2014, pp.1-14.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1049231
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1049231
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر