mmnet: An R Package for Metagenomics Systems Biology Analysis
المؤلفون المشاركون
Cao, Yang
Zheng, Xiaofei
Li, Fei
Bo, Xiaochen
المصدر
العدد
المجلد 2015، العدد 2015 (31 ديسمبر/كانون الأول 2015)، ص ص. 1-5، 5ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2015-09-03
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
5
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
The human microbiome plays important roles in human health and disease.
Previous microbiome studies focused mainly on single pure species function and overlooked the interactions in the complex communities on system-level.
A metagenomic approach introduced recently integrates metagenomic data with community-level metabolic network modeling, but no comprehensive tool was available for such kind of approaches.
To facilitate these kinds of studies, we developed an R package, mmnet, to implement community-level metabolic network reconstruction.
The package also implements a set of functions for automatic analysis pipeline construction including functional annotation of metagenomic reads, abundance estimation of enzymatic genes, community-level metabolic network reconstruction, and integrated network analysis.
The result can be represented in an intuitive way and sent to Cytoscape for further exploration.
The package has substantial potentials in metagenomic studies that focus on identifying system-level variations of human microbiome associated with disease.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Cao, Yang& Zheng, Xiaofei& Li, Fei& Bo, Xiaochen. 2015. mmnet: An R Package for Metagenomics Systems Biology Analysis. BioMed Research International،Vol. 2015, no. 2015, pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1054452
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Cao, Yang…[et al.]. mmnet: An R Package for Metagenomics Systems Biology Analysis. BioMed Research International No. 2015 (2015), pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1054452
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Cao, Yang& Zheng, Xiaofei& Li, Fei& Bo, Xiaochen. mmnet: An R Package for Metagenomics Systems Biology Analysis. BioMed Research International. 2015. Vol. 2015, no. 2015, pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1054452
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1054452
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر