Evaluation and Application of the Strand-Specific Protocol for Next-Generation Sequencing
المؤلفون المشاركون
Pan, Cheng-Tsung
Lin, Wei-Chen
Tsai, Kuo-Wang
Li, Sung-Chou
Chang, Bill
Chen, Ting-Wen
المصدر
العدد
المجلد 2015، العدد 2015 (31 ديسمبر/كانون الأول 2015)، ص ص. 1-8، 8ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2015-03-29
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
8
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Next-generation sequencing (NGS) has become a powerful sequencing tool, applied in a wide range of biological studies.
However, the traditional sample preparation protocol for NGS is non-strand-specific (NSS), leading to biased estimates of expression for transcripts overlapped at the antisense strand.
Strand-specific (SS) protocols have recently been developed.
In this study, we prepared the same RNA sample by using the SS and NSS protocols, followed by sequencing with Illumina HiSeq platform.
Using real-time quantitative PCR as a standard, we first proved that the SS protocol more precisely estimates gene expressions compared with the NSS protocol, particularly for those overlapped at the antisense strand.
In addition, we also showed that the sequence reads from the SS protocol are comparable with those from conventional NSS protocols in many aspects.
Finally, we also mapped a fraction of sequence reads back to the antisense strand of the known genes, originally without annotated genes located.
Using sequence assembly and PCR validation, we succeeded in identifying and characterizing the novel antisense genes.
Our results show that the SS protocol performs more accurately than the traditional NSS protocol and can be applied in future studies.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Tsai, Kuo-Wang& Chang, Bill& Pan, Cheng-Tsung& Lin, Wei-Chen& Chen, Ting-Wen& Li, Sung-Chou. 2015. Evaluation and Application of the Strand-Specific Protocol for Next-Generation Sequencing. BioMed Research International،Vol. 2015, no. 2015, pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1054525
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Tsai, Kuo-Wang…[et al.]. Evaluation and Application of the Strand-Specific Protocol for Next-Generation Sequencing. BioMed Research International No. 2015 (2015), pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1054525
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Tsai, Kuo-Wang& Chang, Bill& Pan, Cheng-Tsung& Lin, Wei-Chen& Chen, Ting-Wen& Li, Sung-Chou. Evaluation and Application of the Strand-Specific Protocol for Next-Generation Sequencing. BioMed Research International. 2015. Vol. 2015, no. 2015, pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1054525
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1054525
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر