Improving the Mapping of Smith-Waterman Sequence Database Searches onto CUDA-Enabled GPUs
المؤلفون المشاركون
Huang, Liang-Tsung
Wu, Chao-Chin
Lai, Lien-Fu
Li, Yun-Ju
المصدر
العدد
المجلد 2015، العدد 2015 (31 ديسمبر/كانون الأول 2015)، ص ص. 1-10، 10ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2015-08-03
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
10
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Sequence alignment lies at heart of the bioinformatics.
The Smith-Waterman algorithm is one of the key sequence search algorithms and has gained popularity due to improved implementations and rapidly increasing compute power.
Recently, the Smith-Waterman algorithm has been successfully mapped onto the emerging general-purpose graphics processing units (GPUs).
In this paper, we focused on how to improve the mapping, especially for short query sequences, by better usage of shared memory.
We performed and evaluated the proposed method on two different platforms (Tesla C1060 and Tesla K20) and compared it with two classic methods in CUDASW++.
Further, the performance on different numbers of threads and blocks has been analyzed.
The results showed that the proposed method significantly improves Smith-Waterman algorithm on CUDA-enabled GPUs in proper allocation of block and thread numbers.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Huang, Liang-Tsung& Wu, Chao-Chin& Lai, Lien-Fu& Li, Yun-Ju. 2015. Improving the Mapping of Smith-Waterman Sequence Database Searches onto CUDA-Enabled GPUs. BioMed Research International،Vol. 2015, no. 2015, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1054540
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Huang, Liang-Tsung…[et al.]. Improving the Mapping of Smith-Waterman Sequence Database Searches onto CUDA-Enabled GPUs. BioMed Research International No. 2015 (2015), pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1054540
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Huang, Liang-Tsung& Wu, Chao-Chin& Lai, Lien-Fu& Li, Yun-Ju. Improving the Mapping of Smith-Waterman Sequence Database Searches onto CUDA-Enabled GPUs. BioMed Research International. 2015. Vol. 2015, no. 2015, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1054540
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1054540
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر