Assessing Computational Steps for CLIP-Seq Data Analysis
المؤلفون المشاركون
Shyr, Yu
Liu, Qi
Zhong, Xue
Madison, Blair B.
Rustgi, Anil K.
المصدر
العدد
المجلد 2015، العدد 2015 (31 ديسمبر/كانون الأول 2015)، ص ص. 1-10، 10ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2015-10-11
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
10
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
RNA-binding protein (RBP) is a key player in regulating gene expression at the posttranscriptional level.
CLIP-Seq, with the ability to provide a genome-wide map of protein-RNA interactions, has been increasingly used to decipher RBP-mediated posttranscriptional regulation.
Generating highly reliable binding sites from CLIP-Seq requires not only stringent library preparation but also considerable computational efforts.
Here we presented a first systematic evaluation of major computational steps for identifying RBP binding sites from CLIP-Seq data, including preprocessing, the choice of control samples, peak normalization, and motif discovery.
We found that avoiding PCR amplification artifacts, normalizing to input RNA or mRNAseq, and defining the background model from control samples can reduce the bias introduced by RNA abundance and improve the quality of detected binding sites.
Our findings can serve as a general guideline for CLIP experiments design and the comprehensive analysis of CLIP-Seq data.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Liu, Qi& Zhong, Xue& Madison, Blair B.& Rustgi, Anil K.& Shyr, Yu. 2015. Assessing Computational Steps for CLIP-Seq Data Analysis. BioMed Research International،Vol. 2015, no. 2015, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1054585
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Liu, Qi…[et al.]. Assessing Computational Steps for CLIP-Seq Data Analysis. BioMed Research International No. 2015 (2015), pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1054585
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Liu, Qi& Zhong, Xue& Madison, Blair B.& Rustgi, Anil K.& Shyr, Yu. Assessing Computational Steps for CLIP-Seq Data Analysis. BioMed Research International. 2015. Vol. 2015, no. 2015, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1054585
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1054585
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر