Predicting Flavin and Nicotinamide Adenine Dinucleotide-Binding Sites in Proteins Using the Fragment Transformation Method
المؤلفون المشاركون
Yu, Chin-Sheng
Lin, Yu-Feng
Chen, Jin-Yi
Lu, Chih-Hao
المصدر
العدد
المجلد 2015، العدد 2015 (31 ديسمبر/كانون الأول 2015)، ص ص. 1-13، 13ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2015-04-27
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
13
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
We developed a computational method to identify NAD- and FAD-binding sites in proteins.
First, we extracted from the Protein Data Bank structures of proteins that bind to at least one of these ligands.
NAD-/FAD-binding residue templates were then constructed by identifying binding residues through the ligand-binding database BioLiP.
The fragment transformation method was used to identify structures within query proteins that resembled the ligand-binding templates.
By comparing residue types and their relative spatial positions, potential binding sites were identified and a ligand-binding potential for each residue was calculated.
Setting the false positive rate at 5%, our method predicted NAD- and FAD-binding sites at true positive rates of 67.1% and 68.4%, respectively.
Our method provides excellent results for identifying FAD- and NAD-binding sites in proteins, and the most important is that the requirement of conservation of residue types and local structures in the FAD- and NAD-binding sites can be verified.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Lu, Chih-Hao& Yu, Chin-Sheng& Lin, Yu-Feng& Chen, Jin-Yi. 2015. Predicting Flavin and Nicotinamide Adenine Dinucleotide-Binding Sites in Proteins Using the Fragment Transformation Method. BioMed Research International،Vol. 2015, no. 2015, pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1055340
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Lu, Chih-Hao…[et al.]. Predicting Flavin and Nicotinamide Adenine Dinucleotide-Binding Sites in Proteins Using the Fragment Transformation Method. BioMed Research International No. 2015 (2015), pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1055340
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Lu, Chih-Hao& Yu, Chin-Sheng& Lin, Yu-Feng& Chen, Jin-Yi. Predicting Flavin and Nicotinamide Adenine Dinucleotide-Binding Sites in Proteins Using the Fragment Transformation Method. BioMed Research International. 2015. Vol. 2015, no. 2015, pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1055340
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1055340
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر