![](/images/graphics-bg.png)
Efficient Multicriteria Protein Structure Comparison on Modern Processor Architectures
المؤلفون المشاركون
Sharma, Anuj
Manolakos, Elias S.
المصدر
العدد
المجلد 2015، العدد 2015 (31 ديسمبر/كانون الأول 2015)، ص ص. 1-13، 13ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2015-10-28
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
13
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Fast increasing computational demand for all-to-all protein structures comparison (PSC) is a result of three confounding factors: rapidly expanding structural proteomics databases, high computational complexity of pairwise protein comparison algorithms, and the trend in the domain towards using multiple criteria for protein structures comparison (MCPSC) and combining results.
We have developed a software framework that exploits many-core and multicore CPUs to implement efficient parallel MCPSC in modern processors based on three popular PSC methods, namely, TMalign, CE, and USM.
We evaluate and compare the performance and efficiency of the two parallel MCPSC implementations using Intel’s experimental many-core Single-Chip Cloud Computer (SCC) as well as Intel’s Core i7 multicore processor.
We show that the 48-core SCC is more efficient than the latest generation Core i7, achieving a speedup factor of 42 (efficiency of 0.9), making many-core processors an exciting emerging technology for large-scale structural proteomics.
We compare and contrast the performance of the two processors on several datasets and also show that MCPSC outperforms its component methods in grouping related domains, achieving a highF-measure of 0.91 on the benchmark CK34 dataset.
The software implementation for protein structure comparison using the three methods and combined MCPSC, along with the developed underlying rckskel algorithmic skeletons library, is available via GitHub.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Sharma, Anuj& Manolakos, Elias S.. 2015. Efficient Multicriteria Protein Structure Comparison on Modern Processor Architectures. BioMed Research International،Vol. 2015, no. 2015, pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1055929
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Sharma, Anuj& Manolakos, Elias S.. Efficient Multicriteria Protein Structure Comparison on Modern Processor Architectures. BioMed Research International No. 2015 (2015), pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1055929
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Sharma, Anuj& Manolakos, Elias S.. Efficient Multicriteria Protein Structure Comparison on Modern Processor Architectures. BioMed Research International. 2015. Vol. 2015, no. 2015, pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1055929
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1055929
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)