How to Isolate a Plant’s Hypomethylome in One Shot
المؤلفون المشاركون
Wischnitzki, Elisabeth
Sehr, Eva Maria
Hansel-Hohl, Karin
Berenyi, Maria
Burg, Kornel
Fluch, Silvia
المصدر
العدد
المجلد 2015، العدد 2015 (31 ديسمبر/كانون الأول 2015)، ص ص. 1-12، 12ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2015-09-03
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
12
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Genome assembly remains a challenge for large and/or complex plant genomes due to their abundant repetitive regions resulting in studies focusing on gene space instead of the whole genome.
Thus, DNA enrichment strategies facilitate the assembly by increasing the coverage and simultaneously reducing the complexity of the whole genome.
In this paper we provide an easy, fast, and cost-effective variant of MRE-seq to obtain a plant’s hypomethylome by an optimized methyl filtration protocol followed by next generation sequencing.
The method is demonstrated on three plant species with knowingly large and/or complex (polyploid) genomes: Oryza sativa, Picea abies, and Crocus sativus.
The identified hypomethylomes show clear enrichment for genes and their flanking regions and clear reduction of transposable elements.
Additionally, genomic sequences around genes are captured including regulatory elements in introns and up- and downstream flanks.
High similarity of the results obtained by a de novo assembly approach with a reference based mapping in rice supports the applicability for studying and understanding the genomes of nonmodel organisms.
Hence we show the high potential of MRE-seq in a wide range of scenarios for the direct analysis of methylation differences, for example, between ecotypes, individuals, within or across species harbouring large, and complex genomes.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Wischnitzki, Elisabeth& Sehr, Eva Maria& Hansel-Hohl, Karin& Berenyi, Maria& Burg, Kornel& Fluch, Silvia. 2015. How to Isolate a Plant’s Hypomethylome in One Shot. BioMed Research International،Vol. 2015, no. 2015, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1055952
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Wischnitzki, Elisabeth…[et al.]. How to Isolate a Plant’s Hypomethylome in One Shot. BioMed Research International No. 2015 (2015), pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1055952
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Wischnitzki, Elisabeth& Sehr, Eva Maria& Hansel-Hohl, Karin& Berenyi, Maria& Burg, Kornel& Fluch, Silvia. How to Isolate a Plant’s Hypomethylome in One Shot. BioMed Research International. 2015. Vol. 2015, no. 2015, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1055952
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1055952
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر