The Impact of Normalization Methods on RNA-Seq Data Analysis
المؤلفون المشاركون
Zyprych-Walczak, J.
Szabelska, A.
Handschuh, L.
Górczak, K.
Klamecka, K.
Figlerowicz, M.
Siatkowski, I.
المصدر
العدد
المجلد 2015، العدد 2015 (31 ديسمبر/كانون الأول 2015)، ص ص. 1-10، 10ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2015-06-15
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
10
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
High-throughput sequencing technologies, such as the Illumina Hi-seq, are powerful new tools for investigating a wide range of biological and medical problems.
Massive and complex data sets produced by the sequencers create a need for development of statistical and computational methods that can tackle the analysis and management of data.
The data normalization is one of the most crucial steps of data processing and this process must be carefully considered as it has a profound effect on the results of the analysis.
In this work, we focus on a comprehensive comparison of five normalization methods related to sequencing depth, widely used for transcriptome sequencing (RNA-seq) data, and their impact on the results of gene expression analysis.
Based on this study, we suggest a universal workflow that can be applied for the selection of the optimal normalization procedure for any particular data set.
The described workflow includes calculation of the bias and variance values for the control genes, sensitivity and specificity of the methods, and classification errors as well as generation of the diagnostic plots.
Combining the above information facilitates the selection of the most appropriate normalization method for the studied data sets and determines which methods can be used interchangeably.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Zyprych-Walczak, J.& Szabelska, A.& Handschuh, L.& Górczak, K.& Klamecka, K.& Figlerowicz, M.…[et al.]. 2015. The Impact of Normalization Methods on RNA-Seq Data Analysis. BioMed Research International،Vol. 2015, no. 2015, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1056161
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Zyprych-Walczak, J.…[et al.]. The Impact of Normalization Methods on RNA-Seq Data Analysis. BioMed Research International No. 2015 (2015), pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1056161
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Zyprych-Walczak, J.& Szabelska, A.& Handschuh, L.& Górczak, K.& Klamecka, K.& Figlerowicz, M.…[et al.]. The Impact of Normalization Methods on RNA-Seq Data Analysis. BioMed Research International. 2015. Vol. 2015, no. 2015, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1056161
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1056161
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر