Agent-Based Spatiotemporal Simulation of Biomolecular Systems within the Open Source MASON Framework
المؤلفون المشاركون
Fdez-Riverola, Florentino
Pérez-Rodríguez, Gael
Pérez-Pérez, Martín
Glez-Peña, Daniel
Lourenço, Anália
Azevedo, Nuno F.
المصدر
العدد
المجلد 2015، العدد 2015 (31 ديسمبر/كانون الأول 2015)، ص ص. 1-12، 12ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2015-03-22
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
12
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Agent-based modelling is being used to represent biological systems with increasing frequency and success.
This paper presents the implementation of a new tool for biomolecular reaction modelling in the open source Multiagent Simulator of Neighborhoods framework.
The rationale behind this new tool is the necessity to describe interactions at the molecular level to be able to grasp emergent and meaningful biological behaviour.
We are particularly interested in characterising and quantifying the various effects that facilitate biocatalysis.
Enzymes may display high specificity for their substrates and this information is crucial to the engineering and optimisation of bioprocesses.
Simulation results demonstrate that molecule distributions, reaction rate parameters, and structural parameters can be adjusted separately in the simulation allowing a comprehensive study of individual effects in the context of realistic cell environments.
While higher percentage of collisions with occurrence of reaction increases the affinity of the enzyme to the substrate, a faster reaction (i.e., turnover number) leads to a smaller number of time steps.
Slower diffusion rates and molecular crowding (physical hurdles) decrease the collision rate of reactants, hence reducing the reaction rate, as expected.
Also, the random distribution of molecules affects the results significantly.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Pérez-Rodríguez, Gael& Pérez-Pérez, Martín& Glez-Peña, Daniel& Fdez-Riverola, Florentino& Azevedo, Nuno F.& Lourenço, Anália. 2015. Agent-Based Spatiotemporal Simulation of Biomolecular Systems within the Open Source MASON Framework. BioMed Research International،Vol. 2015, no. 2015, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1056687
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Pérez-Rodríguez, Gael…[et al.]. Agent-Based Spatiotemporal Simulation of Biomolecular Systems within the Open Source MASON Framework. BioMed Research International No. 2015 (2015), pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1056687
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Pérez-Rodríguez, Gael& Pérez-Pérez, Martín& Glez-Peña, Daniel& Fdez-Riverola, Florentino& Azevedo, Nuno F.& Lourenço, Anália. Agent-Based Spatiotemporal Simulation of Biomolecular Systems within the Open Source MASON Framework. BioMed Research International. 2015. Vol. 2015, no. 2015, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1056687
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1056687
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر