SimFuse: A Novel Fusion Simulator for RNA Sequencing (RNA-Seq) Data
المؤلفون المشاركون
Tan, Yuxiang
Tambouret, Yann
Monti, Stefano
المصدر
العدد
المجلد 2015، العدد 2015 (31 ديسمبر/كانون الأول 2015)، ص ص. 1-5، 5ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2015-12-29
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
5
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
The performance evaluation of fusion detection algorithms from high-throughput sequencing data crucially relies on the availability of data with known positive and negative cases of gene rearrangements.
The use of simulated data circumvents some shortcomings of real data by generation of an unlimited number of true and false positive events, and the consequent robust estimation of accuracy measures, such as precision and recall.
Although a few simulated fusion datasets from RNA Sequencing (RNA-Seq) are available, they are of limited sample size.
This makes it difficult to systematically evaluate the performance of RNA-Seq based fusion-detection algorithms.
Here, we present SimFuse to address this problem.
SimFuse utilizes real sequencing data as the fusions’ background to closely approximate the distribution of reads from a real sequencing library and uses a reference genome as the template from which to simulate fusions’ supporting reads.
To assess the supporting read-specific performance, SimFuse generates multiple datasets with various numbers of fusion supporting reads.
Compared to an extant simulated dataset, SimFuse gives users control over the supporting read features and the sample size of the simulated library, based on which the performance metrics needed for the validation and comparison of alternative fusion-detection algorithms can be rigorously estimated.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Tan, Yuxiang& Tambouret, Yann& Monti, Stefano. 2015. SimFuse: A Novel Fusion Simulator for RNA Sequencing (RNA-Seq) Data. BioMed Research International،Vol. 2015, no. 2015, pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1056694
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Tan, Yuxiang…[et al.]. SimFuse: A Novel Fusion Simulator for RNA Sequencing (RNA-Seq) Data. BioMed Research International No. 2015 (2015), pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1056694
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Tan, Yuxiang& Tambouret, Yann& Monti, Stefano. SimFuse: A Novel Fusion Simulator for RNA Sequencing (RNA-Seq) Data. BioMed Research International. 2015. Vol. 2015, no. 2015, pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1056694
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1056694
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر