Differential Expression Analysis in RNA-Seq by a Naive Bayes Classifier with Local Normalization
المؤلفون المشاركون
Dou, Yongchao
Guo, Xiaomei
Yuan, Lingling
Holding, David R.
Zhang, Chi
المصدر
العدد
المجلد 2015، العدد 2015 (31 ديسمبر/كانون الأول 2015)، ص ص. 1-9، 9ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2015-08-03
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
9
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
To improve the applicability of RNA-seq technology, a large number of RNA-seq data analysis methods and correction algorithms have been developed.
Although these new methods and algorithms have steadily improved transcriptome analysis, greater prediction accuracy is needed to better guide experimental designs with computational results.
In this study, a new tool for the identification of differentially expressed genes with RNA-seq data, named GExposer, was developed.
This tool introduces a local normalization algorithm to reduce the bias of nonrandomly positioned read depth.
The naive Bayes classifier is employed to integrate fold change, transcript length, and GC content to identify differentially expressed genes.
Results on several independent tests show that GExposer has better performance than other methods.
The combination of the local normalization algorithm and naive Bayes classifier with three attributes can achieve better results; both false positive rates and false negative rates are reduced.
However, only a small portion of genes is affected by the local normalization and GC content correction.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Dou, Yongchao& Guo, Xiaomei& Yuan, Lingling& Holding, David R.& Zhang, Chi. 2015. Differential Expression Analysis in RNA-Seq by a Naive Bayes Classifier with Local Normalization. BioMed Research International،Vol. 2015, no. 2015, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1056729
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Dou, Yongchao…[et al.]. Differential Expression Analysis in RNA-Seq by a Naive Bayes Classifier with Local Normalization. BioMed Research International No. 2015 (2015), pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1056729
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Dou, Yongchao& Guo, Xiaomei& Yuan, Lingling& Holding, David R.& Zhang, Chi. Differential Expression Analysis in RNA-Seq by a Naive Bayes Classifier with Local Normalization. BioMed Research International. 2015. Vol. 2015, no. 2015, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1056729
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1056729
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر