Long Read Alignment with Parallel MapReduce Cloud Platform
المؤلفون المشاركون
Al-Absi, Ahmed Abdulhakim
Kang, Dae-Ki
المصدر
العدد
المجلد 2015، العدد 2015 (31 ديسمبر/كانون الأول 2015)، ص ص. 1-13، 13ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2015-12-29
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
13
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Genomic sequence alignment is an important technique to decode genome sequences in bioinformatics.
Next-Generation Sequencing technologies produce genomic data of longer reads.
Cloud platforms are adopted to address the problems arising from storage and analysis of large genomic data.
Existing genes sequencing tools for cloud platforms predominantly consider short read gene sequences and adopt the Hadoop MapReduce framework for computation.
However, serial execution of map and reduce phases is a problem in such systems.
Therefore, in this paper, we introduce Burrows-Wheeler Aligner’s Smith-Waterman Alignment on Parallel MapReduce (BWASW-PMR) cloud platform for long sequence alignment.
The proposed cloud platform adopts a widely accepted and accurate BWA-SW algorithm for long sequence alignment.
A custom MapReduce platform is developed to overcome the drawbacks of the Hadoop framework.
A parallel execution strategy of the MapReduce phases and optimization of Smith-Waterman algorithm are considered.
Performance evaluation results exhibit an average speed-up of 6.7 considering BWASW-PMR compared with the state-of-the-art Bwasw-Cloud.
An average reduction of 30% in the map phase makespan is reported across all experiments comparing BWASW-PMR with Bwasw-Cloud.
Optimization of Smith-Waterman results in reducing the execution time by 91.8%.
The experimental study proves the efficiency of BWASW-PMR for aligning long genomic sequences on cloud platforms.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Al-Absi, Ahmed Abdulhakim& Kang, Dae-Ki. 2015. Long Read Alignment with Parallel MapReduce Cloud Platform. BioMed Research International،Vol. 2015, no. 2015, pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1056798
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Al-Absi, Ahmed Abdulhakim& Kang, Dae-Ki. Long Read Alignment with Parallel MapReduce Cloud Platform. BioMed Research International No. 2015 (2015), pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1056798
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Al-Absi, Ahmed Abdulhakim& Kang, Dae-Ki. Long Read Alignment with Parallel MapReduce Cloud Platform. BioMed Research International. 2015. Vol. 2015, no. 2015, pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1056798
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1056798
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر