Dynamic Model for RNA-seq Data Analysis
المؤلفون المشاركون
المصدر
العدد
المجلد 2015، العدد 2015 (31 ديسمبر/كانون الأول 2015)، ص ص. 1-13، 13ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2015-08-04
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
13
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
By measuring messenger RNA levels for all genes in a sample, RNA-seq provides an attractive option to characterize the global changes in transcription.
RNA-seq is becoming the widely used platform for gene expression profiling.
However, real transcription signals in the RNA-seq data are confounded with measurement and sequencing errors and other random biological/technical variation.
To extract biologically useful transcription process from the RNA-seq data, we propose to use the second ODE for modeling the RNA-seq data.
We use differential principal analysis to develop statistical methods for estimation of location-varying coefficients of the ODE.
We validate the accuracy of the ODE model to fit the RNA-seq data by prediction analysis and 5-fold cross validation.
To further evaluate the performance of the ODE model for RNA-seq data analysis, we used the location-varying coefficients of the second ODE as features to classify the normal and tumor cells.
We demonstrate that even using the ODE model for single gene we can achieve high classification accuracy.
We also conduct response analysis to investigate how the transcription process responds to the perturbation of the external signals and identify dozens of genes that are related to cancer.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Li, Lerong& Xiong, Momiao. 2015. Dynamic Model for RNA-seq Data Analysis. BioMed Research International،Vol. 2015, no. 2015, pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1057225
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Li, Lerong& Xiong, Momiao. Dynamic Model for RNA-seq Data Analysis. BioMed Research International No. 2015 (2015), pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1057225
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Li, Lerong& Xiong, Momiao. Dynamic Model for RNA-seq Data Analysis. BioMed Research International. 2015. Vol. 2015, no. 2015, pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1057225
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1057225
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر