De Novo Assembly and Characterization of Oryza officinalis Leaf Transcriptome by Using RNA-Seq
المؤلفون المشاركون
Bao, Ying
Xu, Si
Jing, Xiang
Meng, Lu
Qin, Zongyan
المصدر
العدد
المجلد 2015، العدد 2015 (31 ديسمبر/كانون الأول 2015)، ص ص. 1-7، 7ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2015-02-02
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
7
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Although endeavors have been made to identify useful wild rice genes that can be used to improve cultivated rice, the virtual reservoir of genetic variation hidden within the wild relatives of cultivated rice is largely untapped.
Here, using next-generation sequencing technology, we investigated the leaf transcriptome of a wild rice O.
officinalis with CC genome.
Approximately 23 million reads were produced in the species leaf transcriptome analysis and de novo assembly methods constructed 68,132 unigenes.
Functional annotations for the unigenes were conducted using sequence similarity comparisons against the following databases: the nonredundant nucleotide database, the nonredundant protein database, the SWISS-PROT database, the Clusters of Orthologous Groups of proteins database, the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes database, the Gene Ontology Consortium database, and the InterPro domains database.
In addition, a total of 476 unigenes related to disease resistance were identified in O.
officinalis, and these unigenes can serve as important genetic resources for cultivated rice breeding and quality improvement.
The present study broadens our understanding of the genetic background of non-AA genomic wild rice species and it also provides a bridge to extend studies to other Oryza species with CC genomes.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Bao, Ying& Xu, Si& Jing, Xiang& Meng, Lu& Qin, Zongyan. 2015. De Novo Assembly and Characterization of Oryza officinalis Leaf Transcriptome by Using RNA-Seq. BioMed Research International،Vol. 2015, no. 2015, pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1057477
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Bao, Ying…[et al.]. De Novo Assembly and Characterization of Oryza officinalis Leaf Transcriptome by Using RNA-Seq. BioMed Research International No. 2015 (2015), pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1057477
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Bao, Ying& Xu, Si& Jing, Xiang& Meng, Lu& Qin, Zongyan. De Novo Assembly and Characterization of Oryza officinalis Leaf Transcriptome by Using RNA-Seq. BioMed Research International. 2015. Vol. 2015, no. 2015, pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1057477
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1057477
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر