A New Binning Method for Metagenomics by One-Dimensional Cellular Automata
المؤلف
المصدر
International Journal of Genomics
العدد
المجلد 2015، العدد 2015 (31 ديسمبر/كانون الأول 2015)، ص ص. 1-6، 6ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2015-10-18
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
6
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
More and more developed and inexpensive next-generation sequencing (NGS) technologies allowus to extract vast sequence data from a sample containing multiple species.
Characterizingthe taxonomic diversity for the planet-size data plays an important role in the metagenomicstudies, while a crucial step for doing the study is the binning process to group sequence readsfrom similar species or taxonomic classes.
The metagenomic binning remains a challenge workbecause of not only the various read noises but also the tremendous data volume.
In this work,we propose an unsupervised binning method for NGS reads based on the one-dimensional cellularautomaton (1D-CA).
Our binning method facilities to reduce the memory usage because 1D-CAcosts only linear space.
Experiments on synthetic dataset exhibit that our method is helpful toidentify species of lower abundance compared to the proposed tool.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Lin, Ying-Chih. 2015. A New Binning Method for Metagenomics by One-Dimensional Cellular Automata. International Journal of Genomics،Vol. 2015, no. 2015, pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1065996
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Lin, Ying-Chih. A New Binning Method for Metagenomics by One-Dimensional Cellular Automata. International Journal of Genomics No. 2015 (2015), pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1065996
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Lin, Ying-Chih. A New Binning Method for Metagenomics by One-Dimensional Cellular Automata. International Journal of Genomics. 2015. Vol. 2015, no. 2015, pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1065996
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1065996
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر