![](/images/graphics-bg.png)
Accelerating Smith-Waterman Alignment for Protein Database Search Using Frequency Distance Filtration Scheme Based on CPU-GPU Collaborative System
المؤلفون المشاركون
Hung, Che-Lun
Liu, Yu
Hong, Yang
Lin, Chun-Yuan
المصدر
International Journal of Genomics
العدد
المجلد 2015، العدد 2015 (31 ديسمبر/كانون الأول 2015)، ص ص. 1-12، 12ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2015-10-19
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
12
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
The Smith-Waterman (SW) algorithm has been widely utilized for searching biological sequence databases in bioinformatics.
Recently, several works have adopted the graphic card with Graphic Processing Units (GPUs) and their associated CUDA model to enhance the performance of SW computations.
However, these works mainly focused on the protein database search by using the intertask parallelization technique, and only using the GPU capability to do the SW computations one by one.
Hence, in this paper, we will propose an efficient SW alignment method, called CUDA-SWfr, for the protein database search by using the intratask parallelization technique based on a CPU-GPU collaborative system.
Before doing the SW computations on GPU, a procedure is applied on CPU by using the frequency distance filtration scheme (FDFS) to eliminate the unnecessary alignments.
The experimental results indicate that CUDA-SWfr runs 9.6 times and 96 times faster than the CPU-based SW method without and with FDFS, respectively.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Liu, Yu& Hong, Yang& Lin, Chun-Yuan& Hung, Che-Lun. 2015. Accelerating Smith-Waterman Alignment for Protein Database Search Using Frequency Distance Filtration Scheme Based on CPU-GPU Collaborative System. International Journal of Genomics،Vol. 2015, no. 2015, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1066043
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Liu, Yu…[et al.]. Accelerating Smith-Waterman Alignment for Protein Database Search Using Frequency Distance Filtration Scheme Based on CPU-GPU Collaborative System. International Journal of Genomics No. 2015 (2015), pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1066043
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Liu, Yu& Hong, Yang& Lin, Chun-Yuan& Hung, Che-Lun. Accelerating Smith-Waterman Alignment for Protein Database Search Using Frequency Distance Filtration Scheme Based on CPU-GPU Collaborative System. International Journal of Genomics. 2015. Vol. 2015, no. 2015, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1066043
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1066043
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)