Accelerating Multiple Compound Comparison Using LINGO-Based Load-Balancing Strategies on Multi-GPUs
المؤلفون المشاركون
Hung, Che-Lun
Wang, Chung-Hung
Lin, Yu-Shiang
Lin, Chun-Yuan
المصدر
International Journal of Genomics
العدد
المجلد 2015، العدد 2015 (31 ديسمبر/كانون الأول 2015)، ص ص. 1-9، 9ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2015-10-13
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
9
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Compound comparison is an important task for the computational chemistry.
By the comparison results, potential inhibitors can be found and then used for the pharmacy experiments.
The time complexity of a pairwise compound comparison is O(n2), where n is the maximal length of compounds.
In general, the length of compounds is tens to hundreds, and the computation time is small.
However, more and more compounds have been synthesized and extracted now, even more than tens of millions.
Therefore, it still will be time-consuming when comparing with a large amount of compounds (seen as a multiple compound comparison problem, abbreviated to MCC).
The intrinsic time complexity of MCC problem is O(k2n2) with k compounds of maximal length n.
In this paper, we propose a GPU-based algorithm for MCC problem, called CUDA-MCC, on single- and multi-GPUs.
Four LINGO-based load-balancing strategies are considered in CUDA-MCC in order to accelerate the computation speed among thread blocks on GPUs.
CUDA-MCC was implemented by C+OpenMP+CUDA.
CUDA-MCC achieved 45 times and 391 times faster than its CPU version on a single NVIDIA Tesla K20m GPU card and a dual-NVIDIA Tesla K20m GPU card, respectively, under the experimental results.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Lin, Chun-Yuan& Wang, Chung-Hung& Hung, Che-Lun& Lin, Yu-Shiang. 2015. Accelerating Multiple Compound Comparison Using LINGO-Based Load-Balancing Strategies on Multi-GPUs. International Journal of Genomics،Vol. 2015, no. 2015, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1066051
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Lin, Chun-Yuan…[et al.]. Accelerating Multiple Compound Comparison Using LINGO-Based Load-Balancing Strategies on Multi-GPUs. International Journal of Genomics No. 2015 (2015), pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1066051
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Lin, Chun-Yuan& Wang, Chung-Hung& Hung, Che-Lun& Lin, Yu-Shiang. Accelerating Multiple Compound Comparison Using LINGO-Based Load-Balancing Strategies on Multi-GPUs. International Journal of Genomics. 2015. Vol. 2015, no. 2015, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1066051
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1066051
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر