![](/images/graphics-bg.png)
Versatility of Approximating Single-Particle Electron Microscopy Density Maps Using Pseudoatoms and Approximation-Accuracy Control
المؤلفون المشاركون
Jonić, Slavica
Sorzano, Carlos Oscar S.
المصدر
العدد
المجلد 2016، العدد 2016 (31 ديسمبر/كانون الأول 2016)، ص ص. 1-11، 11ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2016-12-21
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
11
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Three-dimensional Gaussian functions have been shown useful in representing electron microscopy (EM) density maps for studying macromolecular structure and dynamics.
Methods that require setting a desired number of Gaussian functions or a maximum number of iterations may result in suboptimal representations of the structure.
An alternative is to set a desired error of approximation of the given EM map and then optimize the number of Gaussian functions to achieve this approximation error.
In this article, we review different applications of such an approach that uses spherical Gaussian functions of fixed standard deviation, referred to as pseudoatoms.
Some of these applications use EM-map normal mode analysis (NMA) with elastic network model (ENM) (applications such as predicting conformational changes of macromolecular complexes or exploring actual conformational changes by normal-mode-based analysis of experimental data) while some other do not use NMA (denoising of EM density maps).
In applications based on NMA and ENM, the advantage of using pseudoatoms in EM-map coarse-grain models is that the ENM springs are easily assigned among neighboring grains thanks to their spherical shape and uniformed size.
EM-map denoising based on the map coarse-graining was so far only shown using pseudoatoms as grains.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Jonić, Slavica& Sorzano, Carlos Oscar S.. 2016. Versatility of Approximating Single-Particle Electron Microscopy Density Maps Using Pseudoatoms and Approximation-Accuracy Control. BioMed Research International،Vol. 2016, no. 2016, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1098658
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Jonić, Slavica& Sorzano, Carlos Oscar S.. Versatility of Approximating Single-Particle Electron Microscopy Density Maps Using Pseudoatoms and Approximation-Accuracy Control. BioMed Research International No. 2016 (2016), pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1098658
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Jonić, Slavica& Sorzano, Carlos Oscar S.. Versatility of Approximating Single-Particle Electron Microscopy Density Maps Using Pseudoatoms and Approximation-Accuracy Control. BioMed Research International. 2016. Vol. 2016, no. 2016, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1098658
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1098658
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)