A Simple Guideline to Assess the Characteristics of RNA-Seq Data
المؤلفون المشاركون
Han, Kyudong
Kang, Keunsoo
Son, Keunhong
Yu, Sungryul
Shin, Wonseok
المصدر
العدد
المجلد 2018، العدد 2018 (31 ديسمبر/كانون الأول 2018)، ص ص. 1-9، 9ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2018-11-04
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
9
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Next-generation sequencing (NGS) techniques have been used to generate various molecular maps including genomes, epigenomes, and transcriptomes.
Transcriptomes from a given cell population can be profiled via RNA-seq.
However, there is no simple way to assess the characteristics of RNA-seq data systematically.
In this study, we provide a simple method that can intuitively evaluate RNA-seq data using two different principal component analysis (PCA) plots.
The gene expression PCA plot provides insights into the association between samples, while the transcript integrity number (TIN) score plot provides a quality map of given RNA-seq data.
With this approach, we found that RNA-seq datasets deposited in public repositories often contain a few low-quality RNA-seq data that can lead to misinterpretations.
The effect of sampling errors for differentially expressed gene (DEG) analysis was evaluated with ten RNA-seq data from invasive ductal carcinoma tissues and three RNA-seq data from adjacent normal tissues taken from a Korean breast cancer patient.
The evaluation demonstrated that sampling errors, which select samples that do not represent a given population, can lead to different interpretations when conducting the DEG analysis.
Therefore, the proposed approach can be used to avoid sampling errors prior to RNA-seq data analysis.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Son, Keunhong& Yu, Sungryul& Shin, Wonseok& Han, Kyudong& Kang, Keunsoo. 2018. A Simple Guideline to Assess the Characteristics of RNA-Seq Data. BioMed Research International،Vol. 2018, no. 2018, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1125487
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Son, Keunhong…[et al.]. A Simple Guideline to Assess the Characteristics of RNA-Seq Data. BioMed Research International No. 2018 (2018), pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1125487
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Son, Keunhong& Yu, Sungryul& Shin, Wonseok& Han, Kyudong& Kang, Keunsoo. A Simple Guideline to Assess the Characteristics of RNA-Seq Data. BioMed Research International. 2018. Vol. 2018, no. 2018, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1125487
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1125487
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر