Pattern Matching for DNA Sequencing Data Using Multiple Bloom Filters
المؤلفون المشاركون
Najam, Maleeha
Rasool, Raihan Ur
Ahmad, Hafiz Farooq
Ashraf, Usman
Malik, Asad Waqar
المصدر
العدد
المجلد 2019، العدد 2019 (31 ديسمبر/كانون الأول 2019)، ص ص. 1-9، 9ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2019-04-14
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
9
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Storing and processing of large DNA sequences has always been a major problem due to increasing volume of DNA sequence data.
However, a number of solutions have been proposed but they require significant computation and memory.
Therefore, an efficient storage and pattern matching solution is required for DNA sequencing data.
Bloom filters (BFs) represent an efficient data structure, which is mostly used in the domain of bioinformatics for classification of DNA sequences.
In this paper, we explore more dimensions where BFs can be used other than classification.
A proposed solution is based on Multiple Bloom Filters (MBFs) that finds all the locations and number of repetitions of the specified pattern inside a DNA sequence.
Both of these factors are extremely important in determining the type and intensity of any disease.
This paper serves as a first effort towards optimizing the search for location and frequency of substrings in DNA sequences using MBFs.
We expect that further optimizations in the proposed solution can bring remarkable results as this paper presents a proof of concept implementation for a given set of data using proposed MBFs technique.
Performance evaluation shows improved accuracy and time efficiency of the proposed approach.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Najam, Maleeha& Rasool, Raihan Ur& Ahmad, Hafiz Farooq& Ashraf, Usman& Malik, Asad Waqar. 2019. Pattern Matching for DNA Sequencing Data Using Multiple Bloom Filters. BioMed Research International،Vol. 2019, no. 2019, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1127093
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Najam, Maleeha…[et al.]. Pattern Matching for DNA Sequencing Data Using Multiple Bloom Filters. BioMed Research International No. 2019 (2019), pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1127093
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Najam, Maleeha& Rasool, Raihan Ur& Ahmad, Hafiz Farooq& Ashraf, Usman& Malik, Asad Waqar. Pattern Matching for DNA Sequencing Data Using Multiple Bloom Filters. BioMed Research International. 2019. Vol. 2019, no. 2019, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1127093
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1127093
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر