Linking De Novo Assembly Results with Long DNA Reads Using the dnaasm-link Application
المؤلفون المشاركون
Kuśmirek, Wiktor
Franus, Wiktor
Nowak, Robert M.
المصدر
العدد
المجلد 2019، العدد 2019 (31 ديسمبر/كانون الأول 2019)، ص ص. 1-10، 10ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2019-04-11
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
10
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Currently, third-generation sequencing techniques, which make it possible to obtain much longer DNA reads compared to the next-generation sequencing technologies, are becoming more and more popular.
There are many possibilities for combining data from next-generation and third-generation sequencing.
Herein, we present a new application called dnaasm-link for linking contigs, the result of de novo assembly of second-generation sequencing data, with long DNA reads.
Our tool includes an integrated module to fill gaps with a suitable fragment of an appropriate long DNA read, which improves the consistency of the resulting DNA sequences.
This feature is very important, in particular for complex DNA regions.
Our implementation is found to outperform other state-of-the-art tools in terms of speed and memory requirements, which may enable its usage for organisms with a large genome, something which is not possible in existing applications.
The presented application has many advantages: (i) it significantly optimizes memory and reduces computation time; (ii) it fills gaps with an appropriate fragment of a specified long DNA read; (iii) it reduces the number of spanned and unspanned gaps in existing genome drafts.
The application is freely available to all users under GNU Library or Lesser General Public License version 3.0 (LGPLv3).
The demo application, Docker image, and source code can be downloaded from project homepage.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Kuśmirek, Wiktor& Franus, Wiktor& Nowak, Robert M.. 2019. Linking De Novo Assembly Results with Long DNA Reads Using the dnaasm-link Application. BioMed Research International،Vol. 2019, no. 2019, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1127572
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Kuśmirek, Wiktor…[et al.]. Linking De Novo Assembly Results with Long DNA Reads Using the dnaasm-link Application. BioMed Research International No. 2019 (2019), pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1127572
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Kuśmirek, Wiktor& Franus, Wiktor& Nowak, Robert M.. Linking De Novo Assembly Results with Long DNA Reads Using the dnaasm-link Application. BioMed Research International. 2019. Vol. 2019, no. 2019, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1127572
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1127572
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر