![](/images/graphics-bg.png)
Functional Virtual Flow Cytometry: A Visual Analytic Approach for Characterizing Single-Cell Gene Expression Patterns
المؤلفون المشاركون
Han, Zhi
Johnson, Travis
Zhang, Jie
Zhang, Xuan
Huang, Kun
المصدر
العدد
المجلد 2017، العدد 2017 (31 ديسمبر/كانون الأول 2017)، ص ص. 1-9، 9ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2017-07-17
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
9
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
We presented a novel workflow for detecting distribution patterns in cell populations based on single-cell transcriptome study.
With the fast adoption of single-cell analysis, a challenge to researchers is how to effectively extract gene features to meaningfully separate the cell population.
Considering that coexpressed genes are often functionally or structurally related and the number of coexpressed modules is much smaller than the number of genes, our workflow uses gene coexpression modules as features instead of individual genes.
Thus, when the coexpressed modules are summarized into eigengenes, not only can we interactively explore the distribution of cells but also we can promptly interpret the gene features.
The interactive visualization is aided by a novel application of spatial statistical analysis to the scatter plots using a clustering index parameter.
This parameter helps to highlight interesting 2D patterns in the scatter plot matrix (SPLOM).
We demonstrated the effectiveness of the workflow using two large single-cell studies.
In the Allen Brain scRNA-seq dataset, the visual analytics suggested a new hypothesis such as the involvement of glutamate metabolism in the separation of the brain cells.
In a large glioblastoma study, a sample with a unique cell migration related signature was identified.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Han, Zhi& Johnson, Travis& Zhang, Jie& Zhang, Xuan& Huang, Kun. 2017. Functional Virtual Flow Cytometry: A Visual Analytic Approach for Characterizing Single-Cell Gene Expression Patterns. BioMed Research International،Vol. 2017, no. 2017, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1135650
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Han, Zhi…[et al.]. Functional Virtual Flow Cytometry: A Visual Analytic Approach for Characterizing Single-Cell Gene Expression Patterns. BioMed Research International No. 2017 (2017), pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1135650
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Han, Zhi& Johnson, Travis& Zhang, Jie& Zhang, Xuan& Huang, Kun. Functional Virtual Flow Cytometry: A Visual Analytic Approach for Characterizing Single-Cell Gene Expression Patterns. BioMed Research International. 2017. Vol. 2017, no. 2017, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1135650
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1135650
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)