PredDBP-Stack: Prediction of DNA-Binding Proteins from HMM Profiles using a Stacked Ensemble Method
المؤلفون المشاركون
Wang, Jun
Zheng, Huiwen
Yang, Yang
Xiao, Wanyue
Liu, Taigang
المصدر
العدد
المجلد 2020، العدد 2020 (31 ديسمبر/كانون الأول 2020)، ص ص. 1-8، 8ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2020-04-13
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
8
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
DNA-binding proteins (DBPs) play vital roles in all aspects of genetic activities.
However, the identification of DBPs by using wet-lab experimental approaches is often time-consuming and laborious.
In this study, we develop a novel computational method, called PredDBP-Stack, to predict DBPs solely based on protein sequences.
First, amino acid composition (AAC) and transition probability composition (TPC) extracted from the hidden markov model (HMM) profile are adopted to represent a protein.
Next, we establish a stacked ensemble model to identify DBPs, which involves two stages of learning.
In the first stage, the four base classifiers are trained with the features of HMM-based compositions.
In the second stage, the prediction probabilities of these base classifiers are used as inputs to the meta-classifier to perform the final prediction of DBPs.
Based on the PDB1075 benchmark dataset, we conduct a jackknife cross validation with the proposed PredDBP-Stack predictor and obtain a balanced sensitivity and specificity of 92.47% and 92.36%, respectively.
This outcome outperforms most of the existing classifiers.
Furthermore, our method also achieves superior performance and model robustness on the PDB186 independent dataset.
This demonstrates that the PredDBP-Stack is an effective classifier for accurately identifying DBPs based on protein sequence information alone.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Wang, Jun& Zheng, Huiwen& Yang, Yang& Xiao, Wanyue& Liu, Taigang. 2020. PredDBP-Stack: Prediction of DNA-Binding Proteins from HMM Profiles using a Stacked Ensemble Method. BioMed Research International،Vol. 2020, no. 2020, pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1136741
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Wang, Jun…[et al.]. PredDBP-Stack: Prediction of DNA-Binding Proteins from HMM Profiles using a Stacked Ensemble Method. BioMed Research International No. 2020 (2020), pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1136741
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Wang, Jun& Zheng, Huiwen& Yang, Yang& Xiao, Wanyue& Liu, Taigang. PredDBP-Stack: Prediction of DNA-Binding Proteins from HMM Profiles using a Stacked Ensemble Method. BioMed Research International. 2020. Vol. 2020, no. 2020, pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1136741
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1136741
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر