HaVec: An Efficient de Bruijn Graph Construction Algorithm for Genome Assembly
المؤلفون المشاركون
Rahman, M. Sohel
Rahman, Md Mahfuzer
Sharker, Ratul
Biswas, Sajib
المصدر
International Journal of Genomics
العدد
المجلد 2017، العدد 2017 (31 ديسمبر/كانون الأول 2017)، ص ص. 1-12، 12ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2017-08-27
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
12
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Background.
The rapid advancement of sequencing technologies has made it possible to regularly produce millions of high-quality reads from the DNA samples in the sequencing laboratories.
To this end, the de Bruijn graph is a popular data structure in the genome assembly literature for efficient representation and processing of data.
Due to the number of nodes in a de Bruijn graph, the main barrier here is the memory and runtime.
Therefore, this area has received significant attention in contemporary literature.
Results.
In this paper, we present an approach called HaVec that attempts to achieve a balance between the memory consumption and the running time.
HaVec uses a hash table along with an auxiliary vector data structure to store the de Bruijn graph thereby improving the total memory usage and the running time.
A critical and noteworthy feature of HaVec is that it exhibits no false positive error.
Conclusions.
In general, the graph construction procedure takes the major share of the time involved in an assembly process.
HaVec can be seen as a significant advancement in this aspect.
We anticipate that HaVec will be extremely useful in the de Bruijn graph-based genome assembly.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Rahman, Md Mahfuzer& Sharker, Ratul& Biswas, Sajib& Rahman, M. Sohel. 2017. HaVec: An Efficient de Bruijn Graph Construction Algorithm for Genome Assembly. International Journal of Genomics،Vol. 2017, no. 2017, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1167161
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Rahman, Md Mahfuzer…[et al.]. HaVec: An Efficient de Bruijn Graph Construction Algorithm for Genome Assembly. International Journal of Genomics No. 2017 (2017), pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1167161
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Rahman, Md Mahfuzer& Sharker, Ratul& Biswas, Sajib& Rahman, M. Sohel. HaVec: An Efficient de Bruijn Graph Construction Algorithm for Genome Assembly. International Journal of Genomics. 2017. Vol. 2017, no. 2017, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1167161
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1167161
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر