Gene Coexpression Network Comparison via Persistent Homology
المؤلفون المشاركون
المصدر
International Journal of Genomics
العدد
المجلد 2018، العدد 2018 (31 ديسمبر/كانون الأول 2018)، ص ص. 1-11، 11ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2018-09-19
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
11
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Persistent homology, a topological data analysis (TDA) method, is applied to microarray data sets.
Although there are a few papers referring to TDA methods in microarray analysis, the usage of persistent homology in the comparison of several weighted gene coexpression networks (WGCN) was not employed before to the very best of our knowledge.
We calculate the persistent homology of weighted networks constructed from 38 Arabidopsis microarray data sets to test the relevance and the success of this approach in distinguishing the stress factors.
We quantify multiscale topological features of each network using persistent homology and apply a hierarchical clustering algorithm to the distance matrix whose entries are pairwise bottleneck distance between the networks.
The immunoresponses to different stress factors are distinguishable by our method.
The networks of similar immunoresponses are found to be close with respect to bottleneck distance indicating the similar topological features of WGCNs.
This computationally efficient technique analyzing networks provides a quick test for advanced studies.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Duman, Ali Nabi& Pirim, Harun. 2018. Gene Coexpression Network Comparison via Persistent Homology. International Journal of Genomics،Vol. 2018, no. 2018, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1172834
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Duman, Ali Nabi& Pirim, Harun. Gene Coexpression Network Comparison via Persistent Homology. International Journal of Genomics No. 2018 (2018), pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1172834
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Duman, Ali Nabi& Pirim, Harun. Gene Coexpression Network Comparison via Persistent Homology. International Journal of Genomics. 2018. Vol. 2018, no. 2018, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1172834
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-1172834
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر