Convergence of conformational sampling for BPTI in a 30ns molecular dynamics simulation
مقدم أطروحة جامعية
al-Hausani, Wasim Ahmad Muhammad
أعضاء اللجنة
Hamad, Mazin Y.
Qarain, Wail
al-Kafri, Wasfi
الجامعة
جامعة بيرزيت
الكلية
كلية الهندسة و التكنولوجيا
القسم الأكاديمي
دائرة علم الحاسوب
دولة الجامعة
فلسطين (الضفة الغربية)
الدرجة العلمية
ماجستير
تاريخ الدرجة العلمية
2007
الملخص الإنجليزي
Studying protein intermolecular motion gives an important knowledge about its function.
In this work, the convergence of the conformational sampling space was performed on a 30ns long molecular dynamics simulation of Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor (BPTI).
The overlap between the principle component vectors for die rent time windows of the simulation time were calculated using two methods.
The rest method measures the total overlap between covariance matrices of die rent time segments.
It shows a lack of convergence with steady values throughout the simulation.
The second method examines the subspace overlap between eigenvectors of die rent time windows of simulation.
This method shows high convergence between 4ns long time fragments.
The most of atomic actuations of BPTIC atoms can be seen in 4ns time intervals.
The B-factor and RMSD were calculated in water to check the validity of the simulation results.
They give good agreement with the experiment.
التخصصات الرئيسية
الموضوعات
عدد الصفحات
96
قائمة المحتويات
Abstract.
Table of contents.
Chapter one : Introduction.
Chapter two : Theoretical background and used techniques.
Chapter three : Computing tools and methodology.
Chapter four : Results and analysis.
Chapter five : Discussion of results and conclusion.
References.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
al-Hausani, Wasim Ahmad Muhammad. (2007). Convergence of conformational sampling for BPTI in a 30ns molecular dynamics simulation. (Master's theses Theses and Dissertations Master). Birzeit University, Palestine (West Bank)
https://search.emarefa.net/detail/BIM-303397
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
al-Hausani, Wasim Ahmad Muhammad. Convergence of conformational sampling for BPTI in a 30ns molecular dynamics simulation. (Master's theses Theses and Dissertations Master). Birzeit University. (2007).
https://search.emarefa.net/detail/BIM-303397
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
al-Hausani, Wasim Ahmad Muhammad. (2007). Convergence of conformational sampling for BPTI in a 30ns molecular dynamics simulation. (Master's theses Theses and Dissertations Master). Birzeit University, Palestine (West Bank)
https://search.emarefa.net/detail/BIM-303397
لغة النص
الإنجليزية
نوع البيانات
رسائل جامعية
رقم السجل
BIM-303397
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
