Multiplex Degenerate Primer Design for Targeted Whole Genome Amplification of Many Viral Genomes
المؤلفون المشاركون
Borucki, Monica K.
Elsheikh, Maher M.
Hysom, David A.
Jaing, Crystal J.
Peña, José
Gardner, Shea N.
المصدر
العدد
المجلد 2014، العدد 2014 (31 ديسمبر/كانون الأول 2014)، ص ص. 1-8، 8ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2014-08-03
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
8
التخصصات الرئيسية
العلوم الطبيعية والحياتية (متداخلة التخصصات)
الأحياء
الملخص EN
Background.
Targeted enrichment improves coverage of highly mutable viruses at low concentration in complex samples.
Degenerate primers that anneal to conserved regions can facilitate amplification of divergent, low concentration variants, even when the strain present is unknown.
Results.
A tool for designing multiplex sets of degenerate sequencing primers to tile overlapping amplicons across multiple whole genomes is described.
The new script, run_tiled_primers, is part of the PriMux software.
Primers were designed for each segment of South American hemorrhagic fever viruses, tick-borne encephalitis, Henipaviruses, Arenaviruses, Filoviruses, Crimean-Congo hemorrhagic fever virus, Rift Valley fever virus, and Japanese encephalitis virus.
Each group is highly diverse with as little as 5% genome consensus.
Primer sets were computationally checked for nontarget cross reactions against the NCBI nucleotide sequence database.
Primers for murine hepatitis virus were demonstrated in the lab to specifically amplify selected genes from a laboratory cultured strain that had undergone extensive passage in vitro and in vivo.
Conclusions.
This software should help researchers design multiplex sets of primers for targeted whole genome enrichment prior to sequencing to obtain better coverage of low titer, divergent viruses.
Applications include viral discovery from a complex background and improved sensitivity and coverage of rapidly evolving strains or variants in a gene family.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Gardner, Shea N.& Jaing, Crystal J.& Elsheikh, Maher M.& Peña, José& Hysom, David A.& Borucki, Monica K.. 2014. Multiplex Degenerate Primer Design for Targeted Whole Genome Amplification of Many Viral Genomes. Advances in Bioinformatics،Vol. 2014, no. 2014, pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-446418
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Gardner, Shea N.…[et al.]. Multiplex Degenerate Primer Design for Targeted Whole Genome Amplification of Many Viral Genomes. Advances in Bioinformatics No. 2014 (2014), pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-446418
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Gardner, Shea N.& Jaing, Crystal J.& Elsheikh, Maher M.& Peña, José& Hysom, David A.& Borucki, Monica K.. Multiplex Degenerate Primer Design for Targeted Whole Genome Amplification of Many Viral Genomes. Advances in Bioinformatics. 2014. Vol. 2014, no. 2014, pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-446418
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-446418
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر