Space Constrained Homology Modelling : The Paradigm of the RNA-Dependent RNA Polymerase of Dengue (Type II) Virus
المؤلفون المشاركون
Kossida, Sophia
Kontopoulos, Dimitrios Georgios
Vlachakis, Dimitrios
المصدر
Computational and Mathematical Methods in Medicine
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-9، 9ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-08-06
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
9
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Protein structure is more conserved than sequence in nature.
In this direction we developed a novel methodology that significantly improves conventional homology modelling when sequence identity is low, by taking into consideration 3D structural features of the template, such as size and shape.
Herein, our new homology modelling approach was applied to the homology modelling of the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) of dengue (type II) virus.
The RdRp of dengue was chosen due to the low sequence similarity shared between the dengue virus polymerase and the available templates, while purposely avoiding to use the actual X-ray structure that is available for the dengue RdRp.
The novel approach takes advantage of 3D space corresponding to protein shape and size by creating a 3D scaffold of the template structure.
The dengue polymerase model built by the novel approach exhibited all features of RNA-dependent RNA polymerases and was almost identical to the X-ray structure of the dengue RdRp, as opposed to the model built by conventional homology modelling.
Therefore, we propose that the space-aided homology modelling approach can be of a more general use to homology modelling of enzymes sharing low sequence similarity with the template structures.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Vlachakis, Dimitrios& Kontopoulos, Dimitrios Georgios& Kossida, Sophia. 2013. Space Constrained Homology Modelling : The Paradigm of the RNA-Dependent RNA Polymerase of Dengue (Type II) Virus. Computational and Mathematical Methods in Medicine،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-447104
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Vlachakis, Dimitrios…[et al.]. Space Constrained Homology Modelling : The Paradigm of the RNA-Dependent RNA Polymerase of Dengue (Type II) Virus. Computational and Mathematical Methods in Medicine No. 2013 (2013), pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-447104
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Vlachakis, Dimitrios& Kontopoulos, Dimitrios Georgios& Kossida, Sophia. Space Constrained Homology Modelling : The Paradigm of the RNA-Dependent RNA Polymerase of Dengue (Type II) Virus. Computational and Mathematical Methods in Medicine. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-447104
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-447104
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر