Producing High-Accuracy Lattice Models from Protein Atomic Coordinates Including Side Chains
المؤلفون المشاركون
Smith, Cameron
Backofen, Rolf
Deane, Charlotte M.
Saunders, Rhodri
Mann, Martin
المصدر
العدد
المجلد 2012، العدد 2012 (31 ديسمبر/كانون الأول 2012)، ص ص. 1-6، 6ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2012-08-15
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
6
التخصصات الرئيسية
العلوم الطبيعية والحياتية (متداخلة التخصصات)
الأحياء
الملخص EN
Lattice models are a common abstraction used in the study of protein structure, folding, and refinement.
They are advantageous because the discretisation of space can make extensive protein evaluations computationally feasible.
Various approaches to the protein chain lattice fitting problem have been suggested but only a single backbone-only tool is available currently.
We introduce LatFit, a new tool to produce high-accuracy lattice protein models.
It generates both backbone-only and backbone-side-chain models in any user defined lattice.
LatFit implements a new distance RMSD-optimisation fitting procedure in addition to the known coordinate RMSD method.
We tested LatFit's accuracy and speed using a large nonredundant set of high resolution proteins (SCOP database) on three commonly used lattices: 3D cubic, face-centred cubic, and knight's walk.
Fitting speed compared favourably to other methods and both backbone-only and backbone-side-chain models show low deviation from the original data (~1.5 Å RMSD in the FCC lattice).
To our knowledge this represents the first comprehensive study of lattice quality for on-lattice protein models including side chains while LatFit is the only available tool for such models.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Mann, Martin& Saunders, Rhodri& Smith, Cameron& Backofen, Rolf& Deane, Charlotte M.. 2012. Producing High-Accuracy Lattice Models from Protein Atomic Coordinates Including Side Chains. Advances in Bioinformatics،Vol. 2012, no. 2012, pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-449565
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Mann, Martin…[et al.]. Producing High-Accuracy Lattice Models from Protein Atomic Coordinates Including Side Chains. Advances in Bioinformatics No. 2012 (2012), pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-449565
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Mann, Martin& Saunders, Rhodri& Smith, Cameron& Backofen, Rolf& Deane, Charlotte M.. Producing High-Accuracy Lattice Models from Protein Atomic Coordinates Including Side Chains. Advances in Bioinformatics. 2012. Vol. 2012, no. 2012, pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-449565
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-449565
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر