Correction of Spatial Bias in Oligonucleotide Array Data
المؤلفون المشاركون
Lemieux, Sébastien
Serhal, Philippe
المصدر
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-9، 9ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-03-13
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
9
التخصصات الرئيسية
العلوم الطبيعية والحياتية (متداخلة التخصصات)
الأحياء
الملخص EN
Background.
Oligonucleotide microarrays allow for high-throughput gene expression profiling assays.
The technology relies on the fundamental assumption that observed hybridization signal intensities (HSIs) for each intended target, on average, correlate with their target’s true concentration in the sample.
However, systematic, nonbiological variation from several sources undermines this hypothesis.
Background hybridization signal has been previously identified as one such important source, one manifestation of which appears in the form of spatial autocorrelation.
Results.
We propose an algorithm, pyn, for the elimination of spatial autocorrelation in HSIs, exploiting the duality of desirable mutual information shared by probes in a common probe set and undesirable mutual information shared by spatially proximate probes.
We show that this correction procedure reduces spatial autocorrelation in HSIs; increases HSI reproducibility across replicate arrays; increases differentially expressed gene detection power; and performs better than previously published methods.
Conclusions.
The proposed algorithm increases both precision and accuracy, while requiring virtually no changes to users’ current analysis pipelines: the correction consists merely of a transformation of raw HSIs (e.g., CEL files for Affymetrix arrays).
A free, open-source implementation is provided as an R package, compatible with standard Bioconductor tools.
The approach may also be tailored to other platform types and other sources of bias.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Serhal, Philippe& Lemieux, Sébastien. 2013. Correction of Spatial Bias in Oligonucleotide Array Data. Advances in Bioinformatics،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-451262
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Serhal, Philippe& Lemieux, Sébastien. Correction of Spatial Bias in Oligonucleotide Array Data. Advances in Bioinformatics No. 2013 (2013), pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-451262
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Serhal, Philippe& Lemieux, Sébastien. Correction of Spatial Bias in Oligonucleotide Array Data. Advances in Bioinformatics. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-451262
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-451262
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر