A Protein Sequence Analysis Hardware Accelerator Based on Divergences
المؤلفون المشاركون
de Melo, Alba Cristina Magalhaes Alves
Eusse, Juan Fernando
Moreano, Nahri
Jacobi, Ricardo Pezzuol
المصدر
International Journal of Reconfigurable Computing
العدد
المجلد 2012، العدد 2012 (31 ديسمبر/كانون الأول 2012)، ص ص. 1-19، 19ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2012-04-12
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
19
التخصصات الرئيسية
الموضوعات
الملخص EN
The Viterbi algorithm is one of the most used dynamic programming algorithms for protein comparison and identification, based on hidden markov Models (HMMs).
Most of the works in the literature focus on the implementation of hardware accelerators that act as a prefilter stage in the comparison process.
This stage discards poorly aligned sequences with a low similarity score and forwards sequences with good similarity scores to software, where they are reprocessed to generate the sequence alignment.
In order to reduce the software reprocessing time, this work proposes a hardware accelerator for the Viterbi algorithm which includes the concept of divergence, in which the region of interest of the dynamic programming matrices is delimited.
We obtained gains of up to 182x when compared to unaccelerated software.
The performance measurement methodology adopted in this work takes into account not only the acceleration achieved by the hardware but also the reprocessing software stage required to generate the alignment.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Eusse, Juan Fernando& Moreano, Nahri& de Melo, Alba Cristina Magalhaes Alves& Jacobi, Ricardo Pezzuol. 2012. A Protein Sequence Analysis Hardware Accelerator Based on Divergences. International Journal of Reconfigurable Computing،Vol. 2012, no. 2012, pp.1-19.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-453978
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Eusse, Juan Fernando…[et al.]. A Protein Sequence Analysis Hardware Accelerator Based on Divergences. International Journal of Reconfigurable Computing No. 2012 (2012), pp.1-19.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-453978
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Eusse, Juan Fernando& Moreano, Nahri& de Melo, Alba Cristina Magalhaes Alves& Jacobi, Ricardo Pezzuol. A Protein Sequence Analysis Hardware Accelerator Based on Divergences. International Journal of Reconfigurable Computing. 2012. Vol. 2012, no. 2012, pp.1-19.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-453978
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-453978
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر